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関連出願(yuàn)の引用 本願(yuàn)は、2017年2月7日に出願(yuàn)された米國(guó)仮特許出願(yuàn)第62/455,860號(hào)の利益を主張する。この出願(yuàn)は、その全體が、本明細(xì)書中に參考として援用される。

1. 分野 本明細(xì)書では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投與することと、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することとを含む、ヒト患者を処置する方法が提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせたヒト患者への治療的投與のために、そのようなT細(xì)胞系を選択する方法およびそのようなT細(xì)胞系が由來(lái)するT細(xì)胞ドナーを選択する方法もまた提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤を含む醫(yī)薬組成物、およびサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団もまた提供される。

2. 背景 抗原特異的T細(xì)胞は、サイトメガロウイルス(CMV)感染癥、エプスタインバーウイルス関連リンパ増殖性障害(EBV?LPD)、ならびにWT1(ウィルムス腫瘍1)陽(yáng)性白血病および多発性骨髄腫などの感染癥およびがんを処置するための養(yǎng)子免疫療法において使用することができる(例えば、Koehneら、2015年、Blood 126巻:98頁(yè);Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè);O'Reillyら、2012年、Seminars in Immunology 22巻:162?172頁(yè);およびDoubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè)を參照されたい)。 CMVに対するT細(xì)胞応答の評(píng)価により、このウイルスの最も免疫原性の高いタンパク質(zhì)、すなわちCMVpp65およびIE1內(nèi)のいくつかの免疫優(yōu)性エピトープ、ならびにそれらの提示HLA対立遺伝子が同定されている。免疫優(yōu)性エピトープを提示するHLA対立遺伝子は、特定のハプロタイプを共遺伝により受け継ぐ(co-inheriting)個(gè)體內(nèi)に階層的順序で存在することが判明したため、ある特定のHLA対立遺伝子は、他のHLA対立遺伝子と共遺伝するとき、一貫して免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を拘束する対立遺伝子である(國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)を參照されたい)。免疫優(yōu)性エピトープを提示するHLA対立遺伝子の階層は、それらの機(jī)能的活性のレベルのみに基づいている。興味深いことに、HLAタンパク質(zhì)に対するエピトープの結(jié)合の親和性と、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を誘発するそれらの能力との間に相関関係はない(國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)を參照されたい)。サブドミナントT細(xì)胞応答に関連するHLA対立遺伝子によって拘束される抗原特異的T細(xì)胞の有効性を増強(qiáng)できる薬剤は探索されていない。 本明細(xì)書における?yún)⒖嘉墨I(xiàn)の引用は、それが本開(kāi)示に対する先行技術(shù)であるという承認(rèn)として解釈されるべきではない。

國(guó)際公開(kāi)第2016/073550號(hào)

Koehneら、2015年、Blood 126巻:98頁(yè)

Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè)

O’Reillyら、2012年、Seminars in Immunology 22巻:162?172頁(yè)

Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè)

3. 発明の概要 一態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、(1)阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投與することと;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することとを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細(xì)胞死1(PD1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L2)、細(xì)胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質(zhì)4(CTLA4)、リンパ球活性化3(Lymphocyte Activating 3)(LAG3)、T細(xì)胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質(zhì)3(TIM3)、T細(xì)胞活性化のVドメインIgサプレッサー(VISTA)、アデノシンA2a受容體(A2aR)、B7ホモログ3(B7?H3)、B7ホモログ4(B7?H4)、BおよびTリンパ球関連(BTLA)、インドールアミン2,3?ジオキシゲナーゼ(IDO)、トリプトファン2,3?ジオキシゲナーゼ(TDO)、またはキラー細(xì)胞免疫グロブリン様受容體(KIR)の阻害剤である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結(jié)合し、その活性を阻害する抗體である。具體的な実施形態(tài)では、抗體はモノクローナル抗體である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD1に結(jié)合し、その活性を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、ニボルマブ、ピディリズマブ、MEDI0680、またはペンブロリズマブである。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD?L1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD?L1に結(jié)合し、その活性を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、mpdl3280A、デュルバルマブ、アベルマブ、bms?936559、またはアテゾリズマブである。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、(1)刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投與することと;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することとを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、グルココルチコイド誘導(dǎo)TNFR関連タンパク質(zhì)リガンド(GITR)、または誘導(dǎo)性T細(xì)胞共刺激因子(ICOS)の活性化剤である。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、表示(representation)に従って、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく相対活性の指標(biāo)(an indication of relative activity)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるもの(different ones)によって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量(relative measure)である。ある特定の実施形態(tài)では、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投與に適している。

別の具體的な態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択する方法であって、方法が、病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を選択することを含み、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、表示に従って、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく相対活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、活性の表示(the Representation of Activity)において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。ある特定の実施形態(tài)では、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投與に適している。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、(a)本明細(xì)書に記載されるT細(xì)胞系を選択する方法に従ってヒト患者への治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択することと;(b)抗原に特異的であり、選択されたT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含む、ヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することと;(c)阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投與することとを含む、方法である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細(xì)胞死1(PD1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L2)、細(xì)胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質(zhì)4(CTLA4)、リンパ球活性化3(LAG3)、T細(xì)胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質(zhì)3(TIM3)、T細(xì)胞活性化のVドメインIgサプレッサー(VISTA)、アデノシンA2a受容體(A2aR)、B7ホモログ3(B7?H3)、B7ホモログ4(B7?H4)、BおよびTリンパ球関連(BTLA)、インドールアミン2,3?ジオキシゲナーゼ(IDO)、トリプトファン2,3?ジオキシゲナーゼ(TDO)、またはキラー細(xì)胞免疫グロブリン様受容體(KIR)の阻害剤である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結(jié)合し、その活性を阻害する抗體である。具體的な実施形態(tài)では、抗體はモノクローナル抗體である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD1に結(jié)合し、その活性を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、ニボルマブ、ピディリズマブ、MEDI0680、またはペンブロリズマブである。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD?L1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD?L1に結(jié)合し、その活性を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、mpdl3280A、デュルバルマブ、アベルマブ、bms?936559、またはアテゾリズマブである。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、(a)本明細(xì)書に記載されるとおりのT細(xì)胞系を選択する方法に従ってヒト患者への治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択することと;(b)抗原に特異的であり、選択されたT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含む、ヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することと;(c)刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投與することとを含む、方法である。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、グルココルチコイド誘導(dǎo)TNFR関連タンパク質(zhì)リガンド(GITR)、または誘導(dǎo)性T細(xì)胞共刺激因子(ICOS)の活性化剤である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系が由來(lái)するT細(xì)胞ドナーを選択する方法であって、方法が、(i)第1の複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、第1の複數(shù)における前記HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の生成の相対頻度の指標(biāo)を開(kāi)示する第1の表示を使用して、T細(xì)胞ドナーを選択することを含み、第1の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せがそれぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束される前記T細(xì)胞系の生成の相対頻度のそれぞれの指標(biāo)と関連付けられており、(A)選択されたT細(xì)胞ドナーが、第1の表示において生成の最高の頻度の指標(biāo)と関連付けられている、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共通の第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せを有し;(B)選択されたT細(xì)胞ドナーの第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、第2の表示に従って、疾患細(xì)胞の第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い相対活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この第2の表示が(I)第2の複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(II)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、第2の複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、第2の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。

具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞ドナーは、ヒト患者に対して同種異系である。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、T細(xì)胞ドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系を取得する方法であって、方法が、(a)本明細(xì)書に記載されるT細(xì)胞ドナーを選択する方法に従ってT細(xì)胞ドナーを選択することと、(b)選択されたT細(xì)胞ドナーからT細(xì)胞系を生成することとを含み、T細(xì)胞系が、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束され、抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)する、方法である。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、ヒト患者と同種異系のヒトドナーに由來(lái)する。本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性は、抗原を発現(xiàn)する細(xì)胞に対するT細(xì)胞のin vitro細(xì)胞傷害活性である。本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞のin vivo臨床的有効性である。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、本明細(xì)書に記載される、処置する方法またはT細(xì)胞系を選択する方法は、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を生成するステップをさらに含む。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を生成するステップは、抗原に対するT細(xì)胞のex vivo感作を含む。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法およびT細(xì)胞系を選択する方法の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞に対するin vitroの実質(zhì)的な細(xì)胞傷害性を欠いている。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法、T細(xì)胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびT細(xì)胞系を取得する方法の具體的な実施形態(tài)では、方法は、ヒト患者の疾患細(xì)胞のHLA割り當(dāng)て(HLA assignment)を確認(rèn)するステップをさらに含む。具體的な実施形態(tài)では、確認(rèn)するステップは、少なくとも4つのHLA遺伝子座をタイピングすることを含む。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法、T細(xì)胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびT細(xì)胞系を取得する方法の具體的な実施形態(tài)では、抗原は病原體の抗原である。具體的な実施形態(tài)では、病原體はウイルス、細(xì)菌、真菌、蠕蟲、または原生生物である。

具體的な実施形態(tài)では、病原體はウイルスである。特定の実施形態(tài)では、ウイルスはサイトメガロウイルス(CMV)である。別の特定の実施形態(tài)では、ウイルスはエプスタインバーウイルス(EBV)である。別の特定の実施形態(tài)では、ウイルスは、BKウイルス(BKV)、ジョン?カニンガムウイルス(JCV)、ヒトヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス(HPV)、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、単純ヘルペスウイルス(HSV)、水痘帯狀皰疹ウイルス(VZV)、メルケル細(xì)胞ポリオーマウイルス(MCV)、アデノウイルス(ADV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。

本明細(xì)書に記載される、処置する方法、T細(xì)胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびT細(xì)胞系を取得する方法の具體的な実施形態(tài)では、抗原はがんの抗原である。具體的な実施形態(tài)では、抗原はウィルムス腫瘍1(WT1)である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、(1)阻害性免疫チェックポイント阻害剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含む醫(yī)薬組成物であって、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関してサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細(xì)胞死1(PD1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L2)、細(xì)胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質(zhì)4(CTLA4)、リンパ球活性化3(LAG3)、T細(xì)胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質(zhì)3(TIM3)、T細(xì)胞活性化のVドメインIgサプレッサー(VISTA)、アデノシンA2a受容體(A2aR)、B7ホモログ3(B7?H3)、B7ホモログ4(B7?H4)、BおよびTリンパ球関連(BTLA)、インドールアミン2,3?ジオキシゲナーゼ(IDO)、トリプトファン2,3?ジオキシゲナーゼ(TDO)、またはキラー細(xì)胞免疫グロブリン様受容體(KIR)の阻害剤である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、(1)刺激性免疫チェックポイント活性化剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含む醫(yī)薬組成物であって、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関してサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、グルココルチコイド誘導(dǎo)TNFR関連タンパク質(zhì)リガンド(GITR)、または誘導(dǎo)性T細(xì)胞共刺激因子(ICOS)の活性化剤である。

本明細(xì)書に記載される醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、表示に従って、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくより低い活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。

本明細(xì)書に記載される醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、抗原は病原體の抗原である。具體的な実施形態(tài)では、病原體はウイルス、細(xì)菌、真菌、蠕蟲、または原生生物である。

本明細(xì)書に記載される醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、病原體はウイルスである。特定の実施形態(tài)では、ウイルスはサイトメガロウイルス(CMV)である。別の特定の実施形態(tài)では、ウイルスはエプスタインバーウイルス(EBV)である。別の特定の実施形態(tài)では、ウイルスは、BKウイルス(BKV)、ジョン?カニンガムウイルス(JCV)、ヒトヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス(HPV)、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、単純ヘルペスウイルス(HSV)、水痘帯狀皰疹ウイルス(VZV)、メルケル細(xì)胞ポリオーマウイルス(MCV)、アデノウイルス(ADV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。

本明細(xì)書に記載される醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、抗原はがんの抗原である。具體的な実施形態(tài)では、抗原はウィルムス腫瘍1(WT1)である。

本明細(xì)書に記載される醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞に対するin vitroの実質(zhì)的な細(xì)胞傷害性を欠いている。 4. 図面の簡(jiǎn)単な説明

図1は、異なる処置條件下での腫瘍重量を示す。

図2は、実施例セクション6.2.2.3に記載されているとおり、それらのそれぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによってクラスター化された、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束される、免疫優(yōu)性エピトープを提示する119のCMV特異的CTL系のバンク內(nèi)の各T細(xì)胞系に対するインターフェロン?γ分泌CD3+細(xì)胞のパーセンテージを示す表示である。

5. 詳細(xì)な説明 本発明は、サブドミナントHLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)によって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を投與することと、免疫チェックポイント調(diào)節(jié)剤(すなわち、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤)を投與することとを含む組合せ療法を使用するヒト患者を処置する方法に関する。本発明はさらに、そのようなT細(xì)胞系を選択する方法、そのようなT細(xì)胞系が由來(lái)するT細(xì)胞ドナーを選択する方法、およびそのような抗原特異的T細(xì)胞および免疫チェックポイント調(diào)節(jié)剤を含む醫(yī)薬組成物に関する。本発明によれば、免疫チェックポイント調(diào)節(jié)剤は、サブドミナントHLA対立遺伝子(またはサブドミナントHLA対立遺伝子の組合せ)によって拘束される抗原特異的T細(xì)胞の効力を増強(qiáng)する。

HLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)は、特定の抗原(目的の抗原)を発現(xiàn)する病原體もしくはがんを有する特定のヒト患者またはヒト患者集団に関して、HLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)によって拘束されるT細(xì)胞が、ヒト患者またはヒト患者集団の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるすべてのHLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)の中で、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいて最大のT細(xì)胞活性を有さないとき、「サブドミナント」と呼ばれる。T細(xì)胞活性は、好ましくは、特定のHLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)により拘束されるT細(xì)胞の投與により得られるin vivo臨床的有効性であり、他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞活性は、特定のHLA対立遺伝子(またはHLA対立遺伝子の組合せ)により拘束されるT細(xì)胞のin vitro活性(例えば、細(xì)胞傷害活性またはIFN?γ産生活性)であり得る。

5.1.処置する方法 一態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、(1)阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投與することと;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することとを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は処置を必要とする。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、(1)刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投與することと;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することとを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は処置を必要とする。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

ヒト患者ががんを有するとき、疾患細(xì)胞はがん細(xì)胞である。ヒト患者が病原體を有するとき、疾患細(xì)胞は病原體に感染した細(xì)胞である。

抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞の活性は、同一の方法で生成されたT細(xì)胞系、例えばセクション5.4に記載される方法で生成されたT細(xì)胞系を使用して測(cè)定できる。

T細(xì)胞系には、T細(xì)胞以外の細(xì)胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、T細(xì)胞系はT細(xì)胞が富化されている(例えば、70%を超える、75%を超える、80%を超える、85%を超える、90%を超える、95%を超える、または99%を超えるT細(xì)胞を含む)。T細(xì)胞系は、初代細(xì)胞の集合體(collection)または培養(yǎng)細(xì)胞の集合體であり得る。T細(xì)胞系の細(xì)胞は、単一の細(xì)胞または複數(shù)の細(xì)胞から発生させることができる。様々な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は単一のヒトドナーに由來(lái)する。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、表示(以下「活性の表示」)に従って疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく相対活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)(indication)と関連付けられている?？乖握J(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)は、活性の表示の生成において測(cè)定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが當(dāng)業(yè)者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標(biāo)であり得る。ある特定の実施形態(tài)では、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投與に適している。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子によってコードされるHLAタンパク質(zhì)に結(jié)合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。具體的な実施形態(tài)では、エピトープは、第1のHLA対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。

上述のように、一実施形態(tài)では、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適したHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。T細(xì)胞は、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、治療的投與に適しているとき、ヒト患者への治療的投與に適している。例えば、細(xì)胞系試料に(または凍結(jié)後に細(xì)胞系試料を解凍した後に)、生細(xì)胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場(chǎng)合、T細(xì)胞系は治療用投與に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のin vitroまたはex vivoアッセイに基づいており、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系のin vivo相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたin vitroまたはex vivo相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のin vivo相対活性ではないことが既知の場(chǎng)合、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せ(これによりかかるT細(xì)胞系は拘束されている)は、治療的投與に適さないとみなされ得る。例えば、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)するインターフェロン?γ分泌CD3+T細(xì)胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に関するヒト患者のCMV感染に対するin vivo活性は臨床効果がない(したがって、in vivo相対活性は無(wú)視できる)ことが観察されており、したがって、具體的な実施形態(tài)では、CMV感染癥の処置の文脈において、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。関連する具體的な実施形態(tài)では、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具體的な実施形態(tài)では、本発明の組合せ療法がこのようなT細(xì)胞系の有効性を増強(qiáng)する可能性があるため、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合でも、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、不適切とはみなされない(したがって、CMV感染癥の処置の文脈で、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、これらの他の具體的な実施形態(tài)における治療的投與に不適切とはみなされない)。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、(a)セクション5.2に記載される方法に従ってヒト患者への治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択することと;(b)抗原に特異的であり、選択されたT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含む、ヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することと;(c)阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投與することとを含む、方法である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、(a)セクション5.2に記載される方法に従ってヒト患者への治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択することと;(b)抗原に特異的であり、選択されたT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含む、ヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することと;(c)刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投與することとを含む、方法である。

本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)のいくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表(a Representative of Activity)が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、抗原に対する(例えば、抗原を発現(xiàn)する細(xì)胞に対する)、T細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)である。T細(xì)胞(または場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)は、セクション5.4.1に記載されるとおりに測(cè)定できる。本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)の他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vivo臨床的有効性である。

活性の表示が使用される場(chǎng)合の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、投與するステップの前に、セクション5.7に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。

5.1.1. 投與および投與量 抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の投與経路、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與経路、およびヒト患者に投與されるそれらのそれぞれの量は、病気の性質(zhì)、ヒト患者の狀態(tài)、および醫(yī)師の知識(shí)に基づいて決定できる。一般的に、ヒト細(xì)胞の集団の投與は靜脈內(nèi)である。ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に注入することを含む。具體的な実施形態(tài)では、注入は、ボーラス靜脈內(nèi)注入によるものである。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、これらに限定されないが、非経口、鼻腔內(nèi)、気管內(nèi)、経口、皮內(nèi)、局所、筋肉內(nèi)、腹腔內(nèi)、経皮、靜脈內(nèi)、腫瘍內(nèi)、結(jié)膜、皮下、および肺の経路を含む様々な経路でヒト患者に投與され得る。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與は靜脈內(nèi)である。

具體的な実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団は、単獨(dú)で投與される場(chǎng)合、ヒト患者の処置に有効な用量(例えば、標(biāo)準(zhǔn)治療で使用される用量)よりも低い用量で投與される。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、単獨(dú)で投與される場(chǎng)合、ヒト患者の処置に有効な用量(例えば、標(biāo)準(zhǔn)治療で使用される用量)よりも低い用量で投與される。

いくつかの実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、ヒト患者が、2つの治療法の一方を、いまだ他方の療法の影響を受けているときに投與される場(chǎng)合、併せて(concurrently)、例えば、ほぼ同じ時(shí)、同じ日、同じ週、もしくは同じ処置サイクルで、または同様の投與スケジュール、または異なるが重複する投與スケジュールで投與される。具體的な実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、同時(shí)に投與される。他の実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、ヒト患者が、2つの治療法の一方を、他方の療法の影響をもはや受けていないときに投與される場(chǎng)合、別個(gè)に投與される。ある特定の実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、逐次的に投與される。

いくつかの実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、単一の組成物で投與される。他の実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、別々の組成物で投與される。

いくつかの実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁵細(xì)胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁴細(xì)胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁴細(xì)胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10³細(xì)胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10³細(xì)胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10³?5×10³細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10³?1×10⁴細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁴?5×10⁴細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁴?1×10⁵細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。

他の実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり少なくとも1×10⁵細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁵細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約2×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約3×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約4×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約6×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁷細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁵?5×10⁵細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁵?1×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約1×10⁶?2×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約2×10⁶?5×10⁶細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団を、ヒト患者のkgあたり約5×10⁶?1×10⁷細(xì)胞の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の用量で、ヒト患者に投與することを含む。

ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、毎週、上記の用量で、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することを含む。ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、週に2回、上記の用量で、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することを含む。ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、隔週、上記の用量で、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することを含む。ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、3週ごとに、上記の用量で、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に投與することを含む。

ある特定の実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の少なくとも2用量をヒト患者に投與することを含む。具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の2、3、4、5、または6用量をヒト患者に投與することを含む。具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の2用量をヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の3用量をヒト患者に投與することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の4用量をヒト患者に投與することを含む。

具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、少なくとも連続2週間(例えば、連続2、3、4、5、または6週間)にわたって、1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の少なくとも2サイクル(例えば、2、3、4、5、または6サイクル)を、ヒト患者に投與することを含み、各サイクルは、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団が投與されないウォッシュアウト期間で分けられる。具體的な実施形態(tài)では、少なくとも連続2週間は連続2週間である。好ましい実施形態(tài)では、少なくとも連続2週間は連続3週間である。別の具體的な実施形態(tài)では、少なくとも連続2週間は連続4週間である。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、連続3週間にわたって、1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の2、3、4、5、または6サイクルを、ヒト患者に投與することを含み、各サイクルは、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団が投與されないウォッシュアウト期間で分けられる。別の具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、連続3週間にわたって、1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の第1のサイクルを、ヒト患者に投與することを含み、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団が投與されないウォッシュアウト期間が後に続き、連続3週間にわたって、前記1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団の第2のサイクルが後に続く。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約1週間(例えば、約1?6週間)である。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約1、2、3、または4週間である。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約2週間である。好ましい実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約3週間である。別の具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約4週間である。好ましくは、追加のサイクルは、前のサイクルが毒性を示していない(例えば、NCI CTCAE 4.0に従って等級(jí)付けされたグレード3?5の重篤な有害事象がない)ときにのみ投與される。

具體的な実施形態(tài)では、処置する方法は、毎週、本明細(xì)書に記載される用量で抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をヒト患者に継続的に投與することを含む(すなわち、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団が投與されない週がなく、したがって、ウォッシュアウト期間がない)。

ある特定の実施形態(tài)では、本明細(xì)書に記載される第1の投與レジメンが第1の期間にわたって実施され、その後、第2の期間に対して実施される本明細(xì)書に記載される第2の異なる投與レジメンが実施され、第1の期間と第2の期間は、必要に応じてウォッシュアウト期間で分けられる。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約1週間(例えば、約1?6週間)である。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約1、2、3、または4週間である。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約2週間である。好ましい実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約3週間である。別の具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約4週間である。好ましくは、第2の投與レジメンは、第1の投與レジメンが毒性を示していない(例えば、NCI CTCAE 4.0に従って等級(jí)付けされたグレード3?5の重篤な有害事象がない)ときにのみ実施される。

「約」という用語(yǔ)は、通常の変動(dòng)を許容するように解釈されるべきである。

5.1.2. 異なる細(xì)胞集団による連続処置 ある特定の実施形態(tài)では、上記の病原體またはがんを有するヒト患者を処置する方法は、セクション5.1.1に記載されるとおり抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第1の集団をヒト患者に投與した後、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第2の集団をヒト患者に投與することを含み、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第2の集団における抗原特異的T細(xì)胞は、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有される、異なるHLA対立遺伝子(抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第1の集団に含有される抗原特異的細(xì)胞を拘束しているHLA対立遺伝子とは異なる)により拘束される。具體的な実施形態(tài)では、病原體またはがんを有するヒト患者を処置する方法は、少なくとも連続2週間(例えば、連続2、3、4、5、または6週間)にわたって、1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第1の集団の第1のサイクルを投與することを含み、必要に応じて抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団がいずれも投與されないウォッシュアウト期間が後に続き、少なくとも連続2週間(例えば、連続2、3、4、5、または6週間)にわたって、1週間につき1用量の抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第2の集団の第2のサイクルを投與することが後に続く。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約1週間(例えば、約1?6週間)である。具體的な施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約1、2、3、または4週間である。具體的な実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約2週間である。好ましい実施形態(tài)では、ウォッシュアウト期間は、約3週間である。ある特定の実施形態(tài)では、ヒト患者は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第1の集団の投與後、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第2の集団の投與前に、応答なし、不完全な応答、または最適以下の応答を有する(すなわち、ヒト患者は、処置を継続することにより依然として実質(zhì)的な利益を有するが、最適な長(zhǎng)期転帰の可能性は減少する)。

抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の第1および第2の集団はそれぞれ、前出のセクション5.1.1に記載されるとおり任意の経路および任意の投與レジメンによって投與することができる。

具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有される異なるHLA対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の2つの集団(すなわち、ヒト細(xì)胞の2つの集団における抗原特異的T細(xì)胞がそれぞれ拘束される)が連続して投與される。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有される異なるHLA対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の3つの集団(すなわち、ヒト細(xì)胞の3つの集団における抗原特異的T細(xì)胞がそれぞれ拘束される)が連続して投與される。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有される異なるHLA対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の4つの集団(すなわち、ヒト細(xì)胞の4つの集団における抗原特異的T細(xì)胞がそれぞれ拘束される)が連続して投與される。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有される異なるHLA対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の4つより多い集団(すなわち、ヒト細(xì)胞の4つより多い集団における抗原特異的T細(xì)胞がそれぞれ拘束される)が連続して投與される。

5.2. T細(xì)胞系の選択 別の具體的な態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択する方法であって、方法が、病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を選択することを含み、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は治療的投與を必要とする。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

ヒト患者ががんを有するとき、疾患細(xì)胞はがん細(xì)胞である。ヒト患者が病原體を有するとき、疾患細(xì)胞は病原體に感染した細(xì)胞である。

抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞の活性は、同一の方法で生成されたT細(xì)胞系、例えばセクション5.4に記載される方法で生成されたT細(xì)胞系を使用して測(cè)定できる。

T細(xì)胞系には、T細(xì)胞以外の細(xì)胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、T細(xì)胞系はT細(xì)胞が富化されている(例えば、70%を超える、75%を超える、80%を超える、85%を超える、90%を超える、95%を超える、または99%を超えるT細(xì)胞を含む)。T細(xì)胞系は、初代細(xì)胞の集合體または培養(yǎng)細(xì)胞の集合體であり得る。T細(xì)胞系の細(xì)胞は、単一の細(xì)胞または複數(shù)の細(xì)胞から発生させることができる。様々な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は単一のヒトドナーに由來(lái)する。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく相対活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、活性の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)と関連付けられている?？乖握J(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)は、活性の表示の生成において測(cè)定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが當(dāng)業(yè)者によって臨床的有効性がないことを示すと見(jiàn)なされる活性の指標(biāo)であり得る。ある特定の実施形態(tài)では、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投與に適している。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子によってコードされるHLAタンパク質(zhì)に結(jié)合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。具體的な実施形態(tài)では、エピトープは、第1のHLA対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。

上述のように、一実施形態(tài)では、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適したHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。T細(xì)胞は、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、治療的投與に適しているとき、ヒト患者への治療的投與に適している。例えば、細(xì)胞系試料に(または凍結(jié)後に細(xì)胞系試料を解凍した後に)、生細(xì)胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場(chǎng)合、T細(xì)胞系は治療用投與に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のin vitroまたはex vivoアッセイに基づいており、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系のin vivo相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたin vitroまたはex vivo相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のin vivo相対活性ではないことが既知の場(chǎng)合、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せ(これによりかかるT細(xì)胞系は拘束されている)は、治療的投與に適さないとみなされ得る。例えば、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)するインターフェロン?γ分泌CD3+T細(xì)胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に関するヒト患者のCMV感染に対するin vivo活性は臨床効果がない(したがって、in vivo相対活性は無(wú)視できる)ことが観察されており、したがって、具體的な実施形態(tài)では、CMV感染癥の処置の文脈において、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。関連する具體的な実施形態(tài)では、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具體的な実施形態(tài)では、本発明の組合せ療法がこのようなT細(xì)胞系の有効性を増強(qiáng)する可能性があるため、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合でも、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、不適切とはみなされない(したがって、CMV感染癥の処置の文脈で、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、これらの他の具體的な実施形態(tài)における治療的投與に不適切とはみなされない)。

本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)のいくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、抗原に対する(例えば、抗原を発現(xiàn)する細(xì)胞に対する)、T細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)である。T細(xì)胞(または場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)は、セクション5.4.1に記載されるとおりに測(cè)定できる。本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)の他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vivo臨床的有効性である。

活性の表示が使用される場(chǎng)合の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を選択する方法は、選択するステップの前に、セクション5.7に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。

5.3. T細(xì)胞ドナーの選択 別の態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系が由來(lái)するT細(xì)胞ドナーを選択する方法であって、方法が、(i)第1の複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、第1の複數(shù)における前記HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の生成の相対頻度の指標(biāo)を開(kāi)示する第1の表示(以下、「頻度の表示」)を使用して、T細(xì)胞ドナーを選択することを含み、第1の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せがそれぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束される前記T細(xì)胞系の生成の相対頻度のそれぞれの指標(biāo)と関連付けられており、(A)選択されたT細(xì)胞ドナーが、第1の表示において生成の最高の頻度の指標(biāo)と関連付けられている、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共通の第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せを有し;(B)選択されたT細(xì)胞ドナーの第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は治療的投與を必要とする。

ヒト患者ががんを有するとき、疾患細(xì)胞はがん細(xì)胞である。ヒト患者が病原體を有するとき、疾患細(xì)胞は病原體に感染した細(xì)胞である。

抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞の活性は、同一の方法で生成されたT細(xì)胞系、例えばセクション5.4に記載される方法で生成されたT細(xì)胞系を使用して測(cè)定できる。

T細(xì)胞系には、T細(xì)胞以外の細(xì)胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、T細(xì)胞系はT細(xì)胞が富化されている(例えば、70%を超える、75%を超える、80%を超える、85%を超える、90%を超える、95%を超える、または99%を超えるT細(xì)胞を含む)。T細(xì)胞系は、初代細(xì)胞の集合體または培養(yǎng)細(xì)胞の集合體であり得る。T細(xì)胞系の細(xì)胞は、単一の細(xì)胞または複數(shù)の細(xì)胞から発生させることができる。様々な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は単一のヒトドナーに由來(lái)する。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、疾患細(xì)胞の第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い相対活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が(I)第2の複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(II)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、第2の複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、活性の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)と関連付けられている。抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)は、活性の表示の生成において測(cè)定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが當(dāng)業(yè)者によって臨床的有効性がないことを示すと見(jiàn)なされる活性の指標(biāo)であり得る。

具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子によってコードされるHLAタンパク質(zhì)に結(jié)合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。具體的な実施形態(tài)では、エピトープは、第1のHLA対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。

具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞ドナーは、ヒト患者に対して同種異系である。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、T細(xì)胞ドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。別の具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、T細(xì)胞ドナーは移植ドナーである。いくつかの実施形態(tài)では、移植は、末梢血幹細(xì)胞移植、骨髄移植、または臍帯血移植などの造血幹細(xì)胞移植(HSCT)である。他の実施形態(tài)では、移植は、腎臓移植、肝臓移植、心臓移植、腸移植、膵臓移植、肺移植、もしくは小腸移植、またはそれらの組合せ(例えば、心臓移植と肺移植の組合せ、または腎臓移植と膵臓移植の組合せ)などの実質(zhì)臓器移植である。

活性の代表が使用される場(chǎng)合のいくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞系の相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいたT細(xì)胞系のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)である。T細(xì)胞系のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)は、セクション5.4.1に記載されるとおりに測(cè)定できる?；钚预未恧褂盲丹欷雸?chǎng)合の他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系の相対活性は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞系のin vivo臨床的有効性である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書に提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投與と組み合わせた治療的投與のためのT細(xì)胞系を取得する方法であって、方法が、(a)本明細(xì)書に記載されるT細(xì)胞ドナーを選択する方法に従ってT細(xì)胞ドナーを選択することと、(b)選択されたT細(xì)胞ドナーからT細(xì)胞系を生成することとを含み、T細(xì)胞系が、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束され、抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)する、方法である。

具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞ドナーを選択する方法は、選択するステップの前に、セクション5.8に記載される方法を使用して頻度の表示を生成するステップをさらに含む。

活性の表示が使用される場(chǎng)合の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞ドナーを選択する方法は、選択するステップの前に、セクション5.7に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。

5.4. 抗原特異的T細(xì)胞の生成および特徴 治療的投與および/または活性の表示もしくは頻度の表示の生成に使用されるT細(xì)胞系は、本明細(xì)書に記載されるとおりに生成することができる。具體的な実施形態(tài)では、本明細(xì)書に記載される、処置する方法またはT細(xì)胞系を選択する方法は、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を生成するステップをさらに含む。

いくつかの実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を生成するステップは、抗原に対するT細(xì)胞のex vivo感作を含む。以下に記載するex vivo感作ステップを?qū)g施する方法は、活性の表示または頻度の表示の生成に使用されるT細(xì)胞系を生成するためにも使用できることに留意されたい。

ex vivo感作ステップは、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Haqueら、2007年、Blood 110巻:1123?1131頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);Feuchtingerら、2010年、Blood 116巻:4360?4367頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 120巻:1633?1646頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);Leenら、2013年、Blood 121巻:5113?5123頁(yè);Papadopoulouら、2014年、Sci Transl Med 6巻:242ra83;Sukdolakら、2013年、Biol Blood Marrow Transplant 19巻:1480?1492頁(yè);Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè)、または國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載される方法などのex vivoでT細(xì)胞を刺激して抗原特異的にするための、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法によって実施することができる。

具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、T細(xì)胞を、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)と(好ましくは、抗原提示細(xì)胞の存在下においても)共培養(yǎng)することを含む。具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、T細(xì)胞を、抗原を提示する抗原提示細(xì)胞と共培養(yǎng)することを含む。

具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、単離したPBMCを、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)と、好ましくは抗原提示細(xì)胞の存在下においても、共培養(yǎng)することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、単離したPBMCを、抗原を提示する抗原提示細(xì)胞と共培養(yǎng)することを含む。PBMCは、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè)に記載されているようなFicoll?Hypaque遠(yuǎn)心分離などによる、血液細(xì)胞からPBMCを単離するための當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法によって血液試料から単離できる。

具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、T細(xì)胞が富化されている細(xì)胞集団を、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)と、好ましくは抗原提示細(xì)胞の存在下においても、共培養(yǎng)することを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、ex vivo感作ステップは、T細(xì)胞が富化されている細(xì)胞集団を、抗原を提示する抗原提示細(xì)胞と共培養(yǎng)することを含む。T細(xì)胞は、血液細(xì)胞から(例えば、PBMCから)T細(xì)胞を富化するための當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法によって富化できる。T細(xì)胞を富化するための非限定的な例示的な方法は、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);およびKoehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè)に見(jiàn)出すことができる。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞は、抗CD3抗體を使用して、PBMCを選別することによってPBMCから富化される。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞は、PBMCから接著単球およびナチュラルキラー細(xì)胞を枯渇させることによりP(guān)BMCから富化される。

ex vivo感作ステップで使用される抗原提示細(xì)胞は、樹(shù)狀細(xì)胞、サイトカイン活性化単球、末梢血単核球(PBMC)、エプスタインバーウイルス形質(zhì)転換Bリンパ芽球様細(xì)胞系細(xì)胞(EBV?BLCL細(xì)胞)、または人工抗原提示細(xì)胞(AAPC)などの抗原提示に適した任意の抗原提示細(xì)胞であり得る。具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞は樹(shù)狀細(xì)胞である。別の具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞はPBMCである。別の具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞はEBV?BLCL細(xì)胞である。別の具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞はAAPCである。ある特定の実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞は、T細(xì)胞系のドナーに由來(lái)する。抗原提示細(xì)胞は、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Koehneら、2002年、Blood 99巻:1730?1740頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);O'Reillyら、2007年、Immunol Res 38巻:237?250頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);Barkerら、2010年、Blood 116巻:5045?5049頁(yè);O'Reillyら、2011年、Best Practice & Research Clinical Haematology 24巻:381?391頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 120巻:1633?1646頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè)、または國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載される方法(複數(shù)可)などの、當(dāng)該技術(shù)分野において公知の任意の方法によって取得できる。

具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞は、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されている?？乖?複數(shù)可)に由來(lái)するペプチド(複數(shù)可)を抗原提示細(xì)胞に負(fù)荷する非限定的な例示的な方法は、Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);および國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に見(jiàn)出すことができる。具體的な実施形態(tài)では、抗原提示細(xì)胞は、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)を組換え的に発現(xiàn)するように遺伝子操作されている。形質(zhì)導(dǎo)入または形質(zhì)転換など、タンパク質(zhì)を発現(xiàn)させるために核酸ビヒクルを細(xì)胞に導(dǎo)入するための當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の適切な方法を使用して、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)を組換え的に発現(xiàn)するための抗原提示細(xì)胞(antigen presenting call)を遺伝子操作することができる。

ある特定の実施形態(tài)では、1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)は、抗原に由來(lái)する重複ペプチドのプールである。具體的な実施形態(tài)では、重複ペプチドのプールは、重複ペンタデカペプチドのプールである。ある特定の実施形態(tài)では、1つまたは複數(shù)の免疫原性ペプチドまたはタンパク質(zhì)は、抗原に由來(lái)する1つまたは複數(shù)のタンパク質(zhì)である。

具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を生成するためにex vivo感作に使用されるT細(xì)胞は、T細(xì)胞系ドナー由來(lái)のCD34^?細(xì)胞集団に由來(lái)し、このCD34^?細(xì)胞集団は、その開(kāi)示全體が參照により本明細(xì)書に組み込まれる、2016年3月11日に出願(yuàn)された米國(guó)仮特許出願(yuàn)第62/307,240號(hào)に記載されている、G?CSF動(dòng)員されたヒトドナー由來(lái)のT細(xì)胞を含むアフェレーシス集合體(例えば、白血球アフェレーシス集合體)においてCD34^?細(xì)胞からCD34⁺細(xì)胞を分離することを含む方法の生成物である。

具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を生成するためにex vivo感作に使用されるT細(xì)胞は、その開(kāi)示全體が參照により本明細(xì)書に組み込まれる、2016年9月23日に出願(yuàn)された米國(guó)仮特許出願(yuàn)第62/399,311號(hào)に記載されているとおり、少なくとも50%の幹細(xì)胞様メモリT細(xì)胞(T_SCM細(xì)胞)、少なくとも90%のT_SCM細(xì)胞、少なくとも95%のT_SCM細(xì)胞、少なくとも99%のT_SCM細(xì)胞、または100%のT_SCM細(xì)胞である。

他の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を生成するステップは、抗原に対して血清陽(yáng)性のヒトドナー由來(lái)の血液細(xì)胞の集団からの、抗原に特異的である抗原特異的T細(xì)胞の蛍光標(biāo)識(shí)細(xì)胞分取(FACS)を含む。具體的な実施形態(tài)では、血液細(xì)胞の集団は、ヒトドナーから取得された血液試料から単離された末梢血単核球(PBMC)である。蛍光標(biāo)識(shí)細(xì)胞分取は、通常、選別ステップの前に抗原を認(rèn)識(shí)する抗體で血液細(xì)胞の集団を染色することを含む、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法によって実施することができる。

ある特定の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を生成するステップは、ex vivoで感作またはFACS選別されたT細(xì)胞を含む細(xì)胞集団を保存のために凍結(jié)保存することをさらに含む。

ある特定の実施形態(tài)では、本明細(xì)書に記載される、処置する方法は、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団をT細(xì)胞系から誘導(dǎo)することをさらに含む。具體的な実施形態(tài)では、抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団は、T細(xì)胞系の派(faction)である。別の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は凍結(jié)保存されており、誘導(dǎo)方法は、T細(xì)胞系またはその畫分を解凍することと、必要に応じてT細(xì)胞系から解凍T細(xì)胞をin vitroで増やして治療的投與のためのヒト細(xì)胞の集団を生成することとを含む。別の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は凍結(jié)保存されておらず、誘導(dǎo)方法は、T細(xì)胞系からT細(xì)胞をin vitroで増やして治療的投與のためのヒト細(xì)胞の集団を生成することを含む。

本明細(xì)書に記載される方法の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、ヒト患者と同種異系のヒトドナーに由來(lái)する。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。別の具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーである。いくつかの実施形態(tài)では、移植は、末梢血幹細(xì)胞移植、骨髄移植、または臍帯血移植などの造血幹細(xì)胞移植(HSCT)である。他の実施形態(tài)では、移植は、腎臓移植、肝臓移植、心臓移植、腸移植、膵臓移植、肺移植、もしくは小腸移植、またはそれらの組合せ(例えば、心臓移植と肺移植の組合せ、または腎臓移植と膵臓移植の組合せ)などの実質(zhì)臓器移植である。

本明細(xì)書に記載されるT細(xì)胞系は、好ましくは(1)病原體もしくはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドもしくはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、またはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作された、完全にもしくは部分的にHLA適合(T細(xì)胞系のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞に対して実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を示し、(2)実質(zhì)的な同種反応性を欠き、ならびに/あるいは(3)ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有するHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束され、および/またはヒト患者の疾患細(xì)胞と少なくとも2つのHLA対立遺伝子(例えば、8つのHLA対立遺伝子のうち少なくとも2つ)を共有する。したがって、好ましくは、抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)、同種反応性、どのHLA対立遺伝子(複數(shù)可)にT細(xì)胞が拘束されるかなどの情報(bào)、および/またはT細(xì)胞系のHLAの割り當(dāng)ては、ヒト患者への投與前に當(dāng)該技術(shù)分野で公知の方法(例えば、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Haqueら、2007年、Blood 110巻:1123?1131頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);Feuchtingerら、2010年、Blood 116巻:4360?4367頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 120巻:1633?1646頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);Leenら、2013年、Blood 121巻:5113?5123頁(yè);Papadopoulouら、2014年、Sci Transl Med 6巻:242ra83;Sukdolakら、2013年、Biol Blood Marrow Transplant 19巻:1480?1492頁(yè);Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant、21巻:1663?1678頁(yè)、または國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載される方法など)によって測(cè)定される。

5.4.1. 細(xì)胞傷害性および抗原反応性の他の測(cè)定 完全にまたは部分的にHLA適合(T細(xì)胞系のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞に対するT細(xì)胞系の抗原反応性(例えば細(xì)胞傷害性)は、これに限定されないが、NagorsenおよびMarincola編、2005年、Analyzing T Cell Responses: How to Analyze Cellular Immune Responses against Tumor Associated Antigens、Springer Netherlandsに記載される方法など、T細(xì)胞媒介性抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を測(cè)定するための當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意のアッセイによって決定することができる。アッセイは、T細(xì)胞系を直接、そのアリコート、またはT細(xì)胞系の抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を示す前駆細(xì)胞集団を使用して実施することができる。具體的な実施形態(tài)では、抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)は、Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè)、Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè)、Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè)、Werenら、J Immunol Methods、289巻:17?26頁(yè)、Shafer-Weaverら、2003年、J Transl Med 1巻:14頁(yè)、またはNagorsenおよびMarincola編、2005年、Analyzing T Cell Responses:How to Analyze Cellular Immune Responses against Tumor Associated Antigens、Springer Netherlandsに記載されるような、標(biāo)準(zhǔn)的な⁵¹Cr放出アッセイ、IFN?γ産生アッセイ、CTL前駆體(CTLps)を測(cè)定する限界希釈アッセイ、パーフォリン放出アッセイ、グランザイムB放出アッセイ、またはCD107動(dòng)員アッセイによって決定される。

ある特定の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、あるいはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞に対してin vitroで実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を示す(例えば、その実質(zhì)的な溶解を示す)。好ましくは、完全にまたは部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞は、完全にHLA適合の抗原提示細(xì)胞(例えば、ヒトドナーに由來(lái)する抗原提示細(xì)胞)である。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、あるいはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞の、20%、25%、30%、35%、もしくは40%よりも多いか、またはそれらと等しい溶解を示す。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、あるいはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞の20%よりも多いか、またはそれと等しい溶解を示す。

抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)アッセイで使用できる抗原提示細(xì)胞としては、これらに限定されないが、樹(shù)狀細(xì)胞、フィトヘマグルチニン(PHA)?リンパ芽球、マクロファージ、抗體を生成するB細(xì)胞、EBV?BLCL細(xì)胞、および人工抗原提示細(xì)胞(AAPC)が挙げられる。

具體的な実施形態(tài)では、抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)アッセイで使用される完全または部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞には、病原體またはがんの抗原に由來(lái)するペプチドのプールが負(fù)荷されている。ペプチドのプールは、例えば、病原體またはがんの抗原の配列にわたる重複ペプチド(例えば、ペンタデカペプチド)のプールであり得る。

5.4.2. 同種反応性 T細(xì)胞系の同種反応性は、これらに限定されないが、標(biāo)準(zhǔn)的な⁵¹Cr放出アッセイ、IFN?γ産生アッセイ、CTL前駆體(CTLps)を測(cè)定する限界希釈アッセイ、パーフォリン放出アッセイ、グランザイムB放出アッセイ、CD107動(dòng)員アッセイ、または、セクション5.4.1に記載される任意の他の抗原反応性アッセイなど、T細(xì)胞媒介性抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を測(cè)定するための、當(dāng)該技術(shù)分野に公知の抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)アッセイを使用し、しかし病原體もしくはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドもしくはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞、および/あるいはHLA不適合(ヒト細(xì)胞の集団のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞によって測(cè)定できる。アッセイは、T細(xì)胞系を直接、そのアリコート、またはT細(xì)胞系の同種反応性を示す前駆細(xì)胞集団を使用して実施することができる。実質(zhì)的な同種反応性を欠くT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団は、ヒト患者に投與されるとき、一般に移植片対宿主疾患(GvHD)をもたらさない。

ある特定の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞に対するin vitroの実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を欠いている。好ましい実施形態(tài)では、このような抗原提示細(xì)胞は、完全にまたは部分的にHLA適合の抗原提示細(xì)胞(ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに対して)(例えば、ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに由來(lái)する抗原提示細(xì)胞)である。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞の15%、10%、5%、2%、もしくは1%未満、またはそれらと等しいものを溶解する。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞の10%未満、またはそれと等しいものを溶解する。別の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞の5%未満、またはそれと等しいものを溶解する。

ある特定の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、HLA不適合(ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞に対するin vitroでの実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を欠いている。いくつかの実施形態(tài)では、そのような抗原提示細(xì)胞は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、またはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されている。他の実施形態(tài)では、そのような抗原提示細(xì)胞は、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、HLA不適合(ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞の15%、10%、5%、2%、もしくは1%未満、またはそれらと等しいものを溶解する。具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、HLA不適合(ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞の10%未満、またはそれと等しいものを溶解する。別の具體的な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、HLA不適合(ヒト血液細(xì)胞集団のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞の5%未満、またはそれと等しいものを溶解する。

ある特定の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、上述のとおり、病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷されてもおらず、それらを発現(xiàn)するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細(xì)胞に対するin vitroの実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を欠き、上述のとおり、HLA不適合の抗原提示細(xì)胞に対するin vitroの実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を欠いている。

同種反応性アッセイで使用できる抗原提示細(xì)胞としては、これらに限定されないが、樹(shù)狀細(xì)胞、フィトヘマグルチニン(PHA)?リンパ芽球、マクロファージ、抗體を生成するB細(xì)胞、EBV?BLCL細(xì)胞、および人工抗原提示細(xì)胞(AAPC)が挙げられる。

5.4.3. HLA型 T細(xì)胞系のHLA割り當(dāng)て(すなわち、HLA遺伝子座の型)および/またはヒト患者における疾患細(xì)胞のHLA割り當(dāng)ては、HLA対立遺伝子をタイピングするための當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法によって確認(rèn)(すなわち、タイピング)することができる。T細(xì)胞系の割り當(dāng)ては、T細(xì)胞系を直接、そのアリコート、またはT細(xì)胞系のHLA割り當(dāng)てを示す前駆細(xì)胞集団を使用して実施することができる。HLA割り當(dāng)てを確認(rèn)するための非限定的な例示的な方法は、ASHI Laboratory Manual、4.2版(2003年)、American Society for Histocompatibility and Immunogenetics;ASHI Laboratory Manual、Supplements 1(2006年) and 2(2007年)、American Society for Histocompatibility and Immunogenetics;Leffellら編、1997年、Handbook of Human Immunology、Boca Raton:CRC Press中のHurley、「DNA-based typing of HLA for transplantation.」;Dunn、2011年、Int J Immunogenet 38巻:463?473頁(yè);Erlich、2012年、Tissue Antigens、80巻:1?11頁(yè);Bontadini、2012年、Methods、56巻:471?476頁(yè);ならびにLangeら、2014年、BMC Genomics 15巻:63頁(yè)に見(jiàn)出すことができる。具體的な実施形態(tài)では、少なくとも4つのHLA遺伝子座(好ましくはHLA?A、HLA?B、HLA?C、およびHLA?DR)がタイピングされる。具體的な実施形態(tài)では、4つのHLA遺伝子座(好ましくはHLA?A、HLA?B、HLA?C、およびHLA?DR)がタイピングされる。別の具體的な実施形態(tài)では、6つのHLA遺伝子座がタイピングされる。別の具體的な実施形態(tài)では、8つのHLA遺伝子座がタイピングされる。

一般に、HLAタイピングには高解像度のタイピングが好ましい。高解像度のタイピングは、例えば、ASHI Laboratory Manual、4.2版(2003年)、American Society for Histocompatibility and Immunogenetics;ASHI Laboratory Manual、Supplements 1(2006年) and 2(2007年)、American Society for Histocompatibility and Immunogenetics; Flomenbergら、Blood、104巻:1923?1930頁(yè);Koeglerら、2005年、Bone Marrow Transplant、36巻:1033?1041頁(yè);Leeら、2007年、Blood 110巻:4576?4583頁(yè);Erlich、2012年、Tissue Antigens、80巻:1?11頁(yè);Lankら、2012年、BMC Genomics 13巻:378頁(yè);またはGabrielら、2014年、Tissue Antigens、83巻:65?75頁(yè)に記載されるような、當(dāng)該技術(shù)分野に公知の任意の方法によって実施することができる。

ある特定の実施形態(tài)では、ヒト患者を処置する方法、T細(xì)胞系を選択する方法、またはT細(xì)胞ドナーを処置する方法は、ヒト患者の疾患細(xì)胞のHLA割り當(dāng)てを確認(rèn)するステップをさらに含む。具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者における疾患細(xì)胞のHLA割り當(dāng)ては、疾患細(xì)胞の起源(例えば、場(chǎng)合によってはヒト患者またはヒト患者の移植ドナー)をタイピングすることにより確認(rèn)される。疾患細(xì)胞の起源は、例えば可変タンデムリピート(VTR)を分析すること(移植のレシピエントとドナーとを區(qū)別するために異なる人々の小DNA配列の固有のDNAシグネチャーを使用する方法である)によって、または移植のドナーとレシピエントの性別が異なる場(chǎng)合にはY染色體の有無(wú)を調(diào)べること(細(xì)胞遺伝學(xué)またはFISH(蛍光in situハイブリダイゼーション)によって実施される)によってなど、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意の方法で決定できる。

T細(xì)胞が拘束されているHLA対立遺伝子は、例えば、Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Barkerら、2010年、Blood 116巻:5045?5049頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol、183巻:2837?2850頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 120巻:1633?1646頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);または國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載されるような、當(dāng)該技術(shù)分野に公知の任意の方法によって決定することができる。決定は、T細(xì)胞系を直接、そのアリコート、またはT細(xì)胞系が拘束されているHLA対立遺伝子を示す前駆細(xì)胞集団を使用して実施することができる。

いくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有されるHLA対立遺伝子によって拘束される。他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、ヒト患者の疾患細(xì)胞と少なくとも2つのHLA対立遺伝子(例えば、8つのHLA対立遺伝子のうちの少なくとも2つ、例えば、2つのHLA?A対立遺伝子、2つのHLA?B対立遺伝子、2つのHLA?C対立遺伝子、および2つのHLA?DR対立遺伝子)を共有する。他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は、ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有されるHLA対立遺伝子によって拘束され、ヒト患者の疾患細(xì)胞と少なくとも2つのHLA対立遺伝子(例えば、8つのHLA対立遺伝子のうちの少なくとも2つ、例えば、2つのHLA?A対立遺伝子、2つのHLA?B対立遺伝子、2つのHLA?C対立遺伝子、および2つのHLA?DR対立遺伝子)を共有する。

5.5. 醫(yī)薬組成物 別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、(1)阻害性免疫チェックポイント阻害剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含む醫(yī)薬組成物であって、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関してサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、(1)刺激性免疫チェックポイント活性化剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含む醫(yī)薬組成物であって、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関してサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。

醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくより低い活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、活性の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)と関連付けられている。抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)は、活性の表示の生成において測(cè)定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが當(dāng)業(yè)者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標(biāo)であり得る。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者への治療的投與のための醫(yī)薬組成物であって、(1)阻害性免疫チェックポイント阻害剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は治療的投與を必要とする。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

別の態(tài)様では、本明細(xì)書で提供されるのは、病原體またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者への治療的投與のための醫(yī)薬組成物であって、(1)刺激性免疫チェックポイント活性化剤と;(2)病原體またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)する抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞の集団とを含み;第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せが、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである、醫(yī)薬組成物である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は治療的投與を必要とする。ある特定の実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適しており、かつ、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞の活性に関して、疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せである。

ヒト患者ががんを有するとき、疾患細(xì)胞はがん細(xì)胞である。ヒト患者が病原體を有するとき、疾患細(xì)胞は病原體に感染した細(xì)胞である。

抗原の認(rèn)識(shí)に基づいた、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞の活性は、同一の方法で生成されたT細(xì)胞系、例えばセクション5.4に記載される方法で生成されたT細(xì)胞系を使用して測(cè)定できる。

T細(xì)胞系には、T細(xì)胞以外の細(xì)胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、T細(xì)胞系はT細(xì)胞が富化されている(例えば、70%を超える、75%を超える、80%を超える、85%を超える、90%を超える、95%を超える、または99%を超えるT細(xì)胞を含む)。T細(xì)胞系は、初代細(xì)胞の集合體または培養(yǎng)細(xì)胞の集合體であり得る。T細(xì)胞系の細(xì)胞は、単一の細(xì)胞または複數(shù)の細(xì)胞から増殖させることができる。様々な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系は単一のヒトドナーに由來(lái)する。

ヒト患者に対する治療的投與のための醫(yī)薬組成物の具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)される第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくより低い活性の指標(biāo)に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が(i)複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、(ii)各々が抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示し、活性の表示において、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づくT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。具體的な実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)と関連付けられている。抗原の認(rèn)識(shí)に基づく、活性がないことの指標(biāo)は、活性の表示の生成において測(cè)定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが當(dāng)業(yè)者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標(biāo)であり得る。ある特定の実施形態(tài)では、第2のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投與に適している。

上述のように、一実施形態(tài)では、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投與に適したHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。T細(xì)胞は、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系が利用可能であり、治療的投與に適しているとき、ヒト患者への治療的投與に適している。例えば、細(xì)胞系試料に(または凍結(jié)後に細(xì)胞系試料を解凍した後に)、生細(xì)胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場(chǎng)合、T細(xì)胞系は治療用投與に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のin vitroまたはex vivoアッセイに基づいており、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系のin vivo相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたin vitroまたはex vivo相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のin vivo相対活性ではないことが既知の場(chǎng)合、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せ(これによりかかるT細(xì)胞系は拘束されている)は、治療的投與に適さないとみなされ得る。例えば、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に由來(lái)するインターフェロン?γ分泌CD3+T細(xì)胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系に関するヒト患者のCMV感染に対するin vivo活性は臨床効果がない(したがって、in vivo相対活性は無(wú)視できる)ことが観察されており、したがって、具體的な実施形態(tài)では、CMV感染癥の処置の文脈において、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。関連する具體的な実施形態(tài)では、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、治療的投與に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具體的な実施形態(tài)では、本発明の組合せ療法がこのようなT細(xì)胞系の有効性を増強(qiáng)する可能性があるため、特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系(複數(shù)可)が、病原體またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場(chǎng)合でも、その特定のHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系は、不適切とはみなされない(したがって、CMV感染癥の処置の文脈で、HLA?B35によって拘束されるT細(xì)胞系は、これらの他の具體的な実施形態(tài)における治療的投與に不適切とはみなされない)。

本明細(xì)書に記載される態(tài)様の具體的な実施形態(tài)および実施形態(tài)では、第1のHLA対立遺伝子によってコードされるHLAタンパク質(zhì)に結(jié)合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。具體的な実施形態(tài)では、エピトープは、第1のHLA対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第1のHLA対立遺伝子に対して最高の結(jié)合親和性を有する。

本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)のいくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、抗原に対する(例えば、抗原を発現(xiàn)する細(xì)胞に対する)、T細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)である。T細(xì)胞(または場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vitro抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害活性)は、セクション5.4.1に記載されるとおりに測(cè)定できる。本明細(xì)書に記載される態(tài)様および実施形態(tài)の他の実施形態(tài)では、T細(xì)胞の活性(および活性の代表が使用される場(chǎng)合のT細(xì)胞系の相対活性)は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞(または、場(chǎng)合によってはT細(xì)胞系)のin vivo臨床的有効性である。

本明細(xì)書に記載される、醫(yī)薬組成物、またはヒト患者への治療的投與のための醫(yī)薬組成物は、好ましくは(1)病原體またはがんの抗原に由來(lái)する1つもしくは複數(shù)のペプチドまたはタンパク質(zhì)を負(fù)荷するか、またはそれらを発現(xiàn)するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にHLA適合(T細(xì)胞系のヒトドナーに対して)の抗原提示細(xì)胞に対して実質(zhì)的な抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)を示し、(2)実質(zhì)的な同種反応性を欠き、ならびに/あるいは(3)ヒト患者の疾患細(xì)胞と共有するHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束され、および/またはヒト患者の疾患細(xì)胞と少なくとも2つのHLA対立遺伝子(例えば、8つのHLA対立遺伝子のうち少なくとも2つ)を共有するT細(xì)胞系に由來(lái)する。したがって、セクション5.4に記載されるとおり、好ましくは、抗原反応性(例えば、細(xì)胞傷害性)、同種反応性、どのHLA対立遺伝子(複數(shù)可)にT細(xì)胞系が拘束されるかなどの情報(bào)、および/またはT細(xì)胞系のHLAの割り當(dāng)ては、ヒト患者への投與前に當(dāng)該技術(shù)分野で公知の方法(例えば、Koehneら、2000年、Blood 96巻:109?117頁(yè);Trivediら、2005年、Blood 105巻:2793?2801頁(yè);Haqueら、2007年、Blood 110巻:1123?1131頁(yè);Hasanら、2009年、J Immunol 183巻:2837?2850頁(yè);Feuchtingerら、2010年、Blood 116巻:4360?4367頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 120巻:1633?1646頁(yè);Doubrovinaら、2012年、Blood 119巻:2644?2656頁(yè);Leenら、2013年、Blood 121巻:5113?5123頁(yè);Papadopoulouら、2014年、Sci Transl Med 6巻:242ra83;Sukdolakら、2013年、Biol Blood Marrow Transplant 19巻:1480?1492頁(yè);Koehneら、2015年、Biol Blood Marrow Transplant 21巻:1663?1678頁(yè)、または國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載される方法など)によって測(cè)定される。

本明細(xì)書に記載される、醫(yī)薬組成物、またはヒト患者への治療的投與のための醫(yī)薬組成物は、薬學(xué)的に許容される擔(dān)體をさらに含む。

薬學(xué)的に許容される擔(dān)體は、T細(xì)胞および阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の保存および/または治療的投與に適した任意の生理學(xué)的に許容される溶液であり得る。

また、本明細(xì)書では、上記の醫(yī)薬組成物を1つまたは複數(shù)の容器に含むキットも提供される。

このような1つまたは複數(shù)の容器に必要に応じて付隨するのは、醫(yī)薬品または生物學(xué)的製品の製造、使用、または販売を規(guī)制する政府機(jī)関によって規(guī)定された形式の通知であり得、この通知はヒト投與のために製造、使用、または販売の該機(jī)関による承認(rèn)を反映している。

本明細(xì)書に包含される醫(yī)薬組成物およびキットは、本開(kāi)示で提供されるヒト患者を処置する方法に従って使用することができる。

5.6. 免疫チェックポイント調(diào)節(jié)剤 5.6.1. 阻害性免疫チェックポイント阻害剤 阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイント分子の活性を阻害または遮斷する任意の醫(yī)薬剤であり得る。具體的な実施形態(tài)では、活性は、阻害性免疫チェックポイント分子の天然の結(jié)合パートナーに結(jié)合することである。阻害性免疫チェックポイント分子が受容體である場(chǎng)合、活性は、リガンド結(jié)合活性であり得る。阻害性免疫チェックポイント分子がリガンドである場(chǎng)合、活性は、受容體結(jié)合活性であり得る。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細(xì)胞死1(PD1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L1)、プログラム細(xì)胞死リガンド1(PD?L2)、細(xì)胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質(zhì)4(CTLA4)、リンパ球活性化3(LAG3)、T細(xì)胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質(zhì)3(TIM3)、T細(xì)胞活性化のVドメインIgサプレッサー(VISTA)、アデノシンA2a受容體(A2aR)、B7ホモログ3(B7?H3)、B7ホモログ4(B7?H4)、BおよびTリンパ球関連(BTLA)、インドールアミン2,3?ジオキシゲナーゼ(IDO)、トリプトファン2,3?ジオキシゲナーゼ(TDO)、またはキラー細(xì)胞免疫グロブリン様受容體(KIR)の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD1、PD?L1、PD?L2、CTLA?4、LAG3、TIM?3、VISTA、A2AR、B7?H3、B7?H4、BTLA、IDO、またはTDOの阻害剤である。

阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、抗體、小分子、またはオリゴヌクレオチド(アプタマー、shRNA、miRNA、siRNA、もしくはアンチセンスDNAなど)であり得る。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、がんもしくは病原體によって引き起こされる疾患の処置のため、米國(guó)食品醫(yī)薬品局(FDA)または外國(guó)の対応する機(jī)関によって承認(rèn)されている。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結(jié)合し、その活性を阻害する抗體である。阻害性免疫チェックポイント阻害剤になり得る抗體としては、これらに限定されないが、モノクローナル抗體(Fc最適化モノクローナル抗體を含む)、ポリクローナル抗體、多重特異性抗體(例えば、二重特異性抗體)、Fv、Fab、Fab’、F(ab’)₂、ダイアボディ、線狀抗體、単鎖抗體分子(例えば、scFv)などの抗原結(jié)合活性を保持する抗體斷片、抗體斷片から形成された多重特異性抗體、および抗體斷片を含有する融合タンパク質(zhì)が挙げられる。具體的な実施形態(tài)では、抗體はモノクローナル抗體である。好ましくは、抗體はヒト化抗體である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD1に結(jié)合し、その活性(例えば、リガンド結(jié)合活性)を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、ニボルマブ、ピディリズマブ、MEDI0680、またはペンブロリズマブである。さらに特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體はニボルマブである。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、AMP?224である。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ピディリズマブである。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ペンブロリズマブである。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、MEDI0680である。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、STI?A1110である。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、TSR?042である。別の具體的な実施形態(tài)では、PD1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、AUR?012である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はPD?L1の阻害剤である。具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、PD?L1に結(jié)合し、その活性(例えば、受容體結(jié)合活性)を阻害するモノクローナル抗體である。特定の実施形態(tài)では、モノクローナル抗體は、mpdl3280A、デュルバルマブ、アベルマブ、bms?936559、またはアテゾリズマブである。別の具體的な実施形態(tài)では、PD?L1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、RG7446である。別の具體的な実施形態(tài)では、PD?L1の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、STI?A1010である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はB7?H3の阻害剤(例えば、MGA271)である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はCTLA4の阻害剤(例えば、イピリムマブ)である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はLAG3の阻害剤(例えば、BMS?986016)である。

具體的な実施形態(tài)では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はMSB?0020718Cである。

5.6.2. 刺激性免疫チェックポイント活性化剤 刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を活性化または促進(jìn)する任意の醫(yī)薬剤であり得る。具體的な実施形態(tài)では、活性は、刺激性免疫チェックポイント分子の天然の結(jié)合パートナーに結(jié)合することである。刺激性チェックポイント分子が受容體である場(chǎng)合、活性は、リガンド結(jié)合活性であり得る。刺激性チェックポイント分子がリガンドである場(chǎng)合、活性は、受容體結(jié)合活性であり得る。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、グルココルチコイド誘導(dǎo)TNFR関連タンパク質(zhì)リガンド(GITR)、または誘導(dǎo)性T細(xì)胞共刺激因子(ICOS)の活性化剤である。

刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、例えば、リガンド、リガンド斷片、または刺激性免疫チェックポイント分子のリガンドを含有する融合タンパク質(zhì)(刺激性免疫チェックポイント分子が受容體であるとき)、または刺激性免疫チェックポイント活性化因子に結(jié)合してその活性を活性化するアゴニスト抗體であり得る。刺激性免疫チェックポイント活性化剤になり得る抗體としては、これらに限定されないが、モノクローナル抗體(Fc最適化モノクローナル抗體を含む)、ポリクローナル抗體、多重特異性抗體(例えば、二重特異性抗體)、Fv、Fab、Fab’、F(ab’)₂、ダイアボディ、線狀抗體、単鎖抗體分子(例えば、scFv)などの抗原結(jié)合活性を保持する抗體斷片、抗體斷片から形成された多重特異性抗體、および抗體斷片を含有する融合タンパク質(zhì)が挙げられる。具體的な実施形態(tài)では、抗體はモノクローナル抗體である。好ましくは、抗體はヒト化抗體である。具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、がんもしくは病原體によって引き起こされる疾患の処置のため、米國(guó)食品醫(yī)薬品局(FDA)または外國(guó)の対応する機(jī)関によって承認(rèn)されている。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はOX40の活性化剤(例えば、MEDI0562またはMEDI6383)である。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はGITRの活性化剤(例えば、TRX518またはMK?4166)である。

具體的な実施形態(tài)では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はICOSの活性化剤(例えば、GSK3359609)である。

5.7. 活性の表示の生成 活性の表示は、複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、各々が病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、上記複數(shù)におけるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せのうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性の指標(biāo)を開(kāi)示する。活性の表示では、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の相対活性のそれぞれの指標(biāo)と関連付けられており、相対活性は、抗原の認(rèn)識(shí)に基づいたT細(xì)胞系の既知の活性の相対量である。

T細(xì)胞系の相対活性は、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の任意のin vitro、ex vivo、またはin vivoの方法により取得できる。

好ましい実施形態(tài)では、相対活性は、病原體またはがんを有するヒト患者の処置におけるT細(xì)胞系のin vivo臨床的有効性として測(cè)定される。そのような実施形態(tài)の具體的な態(tài)様では、相対活性は、T細(xì)胞系での処置後に完全寛解(CR)を達(dá)成する、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者のパーセンテージとして測(cè)定することができる。具體的な実施形態(tài)では、相対活性は、T細(xì)胞系での処置後にCRまたは部分寛解(PR)を達(dá)成する、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者のパーセンテージとして測(cè)定される。

いくつかの実施形態(tài)では、相対活性は、抗原の抗原性を示す1つまたは複數(shù)のペプチドを提示する抗原提示細(xì)胞で刺激した際の、各T細(xì)胞系に由來(lái)するインターフェロン?γ産生CD3+細(xì)胞のパーセンテージとして測(cè)定される。具體的な実施形態(tài)では、相対活性は、Koehne, G.ら、Blood、2002年、99巻:1730?1740頁(yè)、またはWaldrop, S.L.ら、J Clin Invest、1997年、99巻:1739?1750頁(yè)に記載されるような方法から修正された方法によって、またはそこに記載されるように測(cè)定される。

いくつかの実施形態(tài)では、相対活性は、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の方法、例えば、セクション5.4.1に記載される方法に従って実施される細(xì)胞傷害性アッセイにおいて、各T細(xì)胞系への曝露の際に溶解される病原體またはがんの抗原を発現(xiàn)する細(xì)胞のパーセンテージとして測(cè)定される。

本発明によれば、相対活性は、エピトープを提示するHLAタンパク質(zhì)に対するそれぞれのT細(xì)胞系によって認(rèn)識(shí)されるエピトープの結(jié)合親和性としては測(cè)定されない。

いくつかの態(tài)様では、活性の表示は、相対活性によってランク付けされる複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せのリストである。いくつかの実施形態(tài)では、治療的使用のためのT細(xì)胞系は、リストの最高のランクが最大の相対活性の指標(biāo)である、相対活性によってランク付けされる複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せのリストを下って(going down)、ランクが最高ではないHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せを決定し(選択したT細(xì)胞系が特定のヒト患者で使用される場(chǎng)合、前記HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せの中でランクが最高ではない)、決定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞を選ぶことによって選択される。例として、具體的な実施形態(tài)では、活性の表示は、実施例2の表6に示すリストである。

いくつかの態(tài)様では、活性の表示は、各々が相対活性のスコア指標(biāo)に関連付けられている、複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを列挙するデータベース(例えば表)である。いくつかの実施形態(tài)では、治療的使用のためのT細(xì)胞系は、データベースの最高のスコアが最高の相対活性の指標(biāo)である、各々が相対活性のスコア指標(biāo)に関連付けられている、複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを列挙するデータベースを調(diào)べ、最高のスコアを有さないHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せを決定し(選択したT細(xì)胞系が特定のヒト患者で使用される場(chǎng)合、前記HLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されるHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せの中で最高のスコアを有さない)、そのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せにより拘束されるT細(xì)胞を選ぶことによって選択される。具體的な実施形態(tài)では、このようなデータベースである活性の表示を使用するT細(xì)胞系の選択は、最初に、ヒト患者の疾患細(xì)胞によって発現(xiàn)されない、データベース中のHLA対立遺伝子およびHLA対立遺伝子の組合せを全て取り除き(除外し)、次いで、殘ったものの中で、最高ではない相対活性の指標(biāo)と関連付けられているHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せを決定し、次いで、決定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系を選ぶことによって実施され得る。

いくつかの態(tài)様では、活性の表示は散布図である。ある特定の実施形態(tài)では、散布図の第1の軸は、複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せにおけるHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せの複數(shù)の異なるものを表す。ある特定の実施形態(tài)では、散布図の第2の軸は、相対活性を表す。具體的な実施形態(tài)では、散布図の第2の軸は、抗原の抗原性を示す1つまたは複數(shù)のペプチドを提示する抗原提示細(xì)胞で刺激した際の、相対活性の指標(biāo)が活性の表示に開(kāi)示されている各T細(xì)胞系に由來(lái)するインターフェロン?γ分泌CD3⁺細(xì)胞のパーセンテージを表す。特定の実施形態(tài)では、刺激は、それぞれのT細(xì)胞系に対して自家であり、前記相対活性の指標(biāo)として、抗原の抗原性を示す1つまたは複數(shù)のペプチドが負(fù)荷された抗原提示細(xì)胞によるものである。例として、具體的な実施形態(tài)では、活性の表示は、図2に示すとおりの散布図である。

いくつかの実施形態(tài)では、活性の表示はデータベースに保存されている。

様々な実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を選択する方法はコンピュータで実施される。いくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を選択する方法は、セクション5.9に記載されているコンピュータシステムを使用してコンピュータで実施される。いくつかの実施形態(tài)では、T細(xì)胞系を選択する方法は、セクション5.9に記載されているコンピュータ可読媒體を使用してコンピュータで実施される。

追加データが利用可能になると、追加データを使用して活性の表示を更新できる。

5.8. 頻度の表示の生成 頻度の表示は、複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せを同定し、各々が病原體またはがんの抗原の少なくとも1つのエピトープを認(rèn)識(shí)し、HLA対立遺伝子のうちの複數(shù)の異なるものによって拘束されるT細(xì)胞系の生成の相対頻度の指標(biāo)を開(kāi)示する。頻度の表示では、各々の同定されたHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せは、それぞれのHLA対立遺伝子またはHLA対立遺伝子の組合せによって拘束されるT細(xì)胞系の生成の相対的な頻度のそれぞれの指標(biāo)に関連付けられている。

いくつかの態(tài)様では、頻度の表示は、相対頻度によってランク付けされる複數(shù)のHLA対立遺伝子および必要に応じてHLA対立遺伝子の組合せのリストであり、最高のランクが最高の生成の頻度の指標(biāo)である。

いくつかの態(tài)様では、頻度の表示は、それぞれが、相対頻度のスコア指標(biāo)に関連付けられている複數(shù)のHLA対立遺伝子を列挙するデータベース(例えば、表)であり、最高のスコアが最高の生成の頻度の指標(biāo)である。

いくつかの実施形態(tài)では、頻度の表示はデータベースに保存されている。

様々な実施形態(tài)では、本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞ドナーを選択する方法はコンピュータで実施される。いくつかの実施形態(tài)では、本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞ドナーを選択する方法は、セクション5.9に記載されているコンピュータシステムを使用してコンピュータで実施される。いくつかの実施形態(tài)では、本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞ドナーを選択する方法は、セクション5.9に記載されているコンピュータ可読媒體を使用してコンピュータで実施される。

追加データが利用可能になると、追加データを使用して頻度の表示を更新できる。

5.9. コンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒體 様々な実施形態(tài)では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒體は、本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞系を選択する方法のいずれか、およびT細(xì)胞ドナーを選択する方法のいずれかを?qū)g施するように構(gòu)成される。

本明細(xì)書ではまた、病原體またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への治療的投與のためのT細(xì)胞系を選択するためのコンピュータシステムも提供される。具體的な実施形態(tài)では、そのようなコンピュータシステムは:中央演算処理裝置と;中央演算処理裝置に結(jié)合されたメモリであって、本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞系を選択する方法のいずれかまたはT細(xì)胞ドナーを選択する方法のいずれかのステップ(複數(shù)可)を?qū)g施するための命令を記憶するメモリとを含む。いくつかの実施形態(tài)では、コンピュータシステムは、中央演算処理裝置と動(dòng)作可能に通信する表示デバイスをさらに備える。

本開(kāi)示において記載されるT細(xì)胞系を選択する方法のいずれか、またはT細(xì)胞ドナーを選択する方法のいずれかのステップ(複數(shù)可)を?qū)g施するためのコンピュータ実行可能命令を有するコンピュータ可読媒體もまた本明細(xì)書で提供される。

いくつかの実施形態(tài)では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒體にロードされるのは、當(dāng)該技術(shù)分野で標(biāo)準(zhǔn)的なソフトウェアコンポーネントである。ソフトウェアコンポーネントは、本開(kāi)示で記載されるT細(xì)胞系を選択する方法またはT細(xì)胞ドナーを選択する方法に従って、コンピュータシステムを集合的に機(jī)能させる。いくつかの実施形態(tài)では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒體にロードされるのは、當(dāng)該技術(shù)分野で標(biāo)準(zhǔn)的なソフトウェアコンポーネントと、本発明に特有の1つまたは複數(shù)のコンピュータプログラム製品である。具體的な実施形態(tài)では、1つまたは複數(shù)のコンピュータプログラム製品は、本開(kāi)示で記載されるT細(xì)胞系を選択する方法またはT細(xì)胞ドナーを選択する方法に従って、コンピュータシステムを機(jī)能させる。具體的な実施形態(tài)では、本発明に特有の1つまたは複數(shù)のコンピュータプログラム製品および當(dāng)該技術(shù)分野で標(biāo)準(zhǔn)的なソフトウェアコンポーネントは、本明細(xì)書に記載されるT細(xì)胞系を選択する方法またはT細(xì)胞ドナーを選択する方法に従ってコンピュータシステムを集合的に機(jī)能させる。

5.10. 抗原特異性および患者 病原體またはがんの抗原は、非疾患細(xì)胞(例えば、病原體に感染していない細(xì)胞、または非がん性細(xì)胞)と比較して、疾患細(xì)胞(例えば、病原體に感染した細(xì)胞、またはがん性細(xì)胞)で発現(xiàn)が高いペプチドもしくはタンパク質(zhì)、または非疾患細(xì)胞(例えば、病原體に感染していない細(xì)胞、または非がん性細(xì)胞)と比較して、疾患細(xì)胞(例えば、病原體に感染した細(xì)胞、またはがん性細(xì)胞)で固有に発現(xiàn)しているペプチドもしくはタンパク質(zhì)であり得る。

いくつかの実施形態(tài)では、抗原は病原體の抗原である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者は病原體を有する。病原體は、ウイルス、細(xì)菌、真菌、蠕蟲、または原生生物であり得る。

具體的な実施形態(tài)では、病原體はウイルスである。具體的な実施形態(tài)では、ウイルスはサイトメガロウイルス(CMV)である。具體的な実施形態(tài)の態(tài)様では、CMVの抗原は、CMV pp65またはCMV IE1である。具體的な実施形態(tài)の別の態(tài)様では、CMVの抗原は、CMV pp65である。別の具體的な実施形態(tài)では、ウイルスはエプスタインバーウイルス(EBV)である。具體的な実施形態(tài)の態(tài)様では、EBVの抗原は、EBNA1、EBNA2、EBNA3A、EBNA3B、EBNA3C、LMP1、またはLMP2である。具體的な実施形態(tài)の別の態(tài)様では、EBVの抗原は、EBNA1、LMP1、またはLMP2である。別の具體的な実施形態(tài)では、ウイルスは、BKウイルス(BKV)、ジョン?カニンガムウイルス(JCV)、ヘルペスウイルス(ヒトヘルペスウイルス?6もしくはヒトヒトヘルペスウイルス?8など)、ヒトパピローマウイルス(HPV)、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、単純ヘルペスウイルス(HSV)、水痘帯狀皰疹ウイルス(VZV)、メルケル細(xì)胞ポリオーマウイルス(MCV)、アデノウイルス(ADV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。

具體的な実施形態(tài)では、病原體は、マイコバクテリウムまたはChlamydia trachomatisなどの細(xì)菌である。具體的な実施形態(tài)では、病原體は、Cryptococcus neoformans、Pneumocystis jiroveci、カンジダ(Candida)、または侵襲性真菌などの真菌である。具體的な実施形態(tài)では、病原體は蠕蟲である。具體的な実施形態(tài)では、病原體はToxoplasma gondiiなどの原生生物である。具體的な実施形態(tài)では、病原體は原生動(dòng)物である。

具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は病原體の感染を有する。具體的な実施形態(tài)では、病原體はCMVであり、ヒト患者はCMV感染癥(例えば、CMVウイルス血癥、CMV網(wǎng)膜炎、CMV肺炎、CMV肝炎、CMV結(jié)腸炎、CMV脳炎、CMV髄膜脳炎、CMV陽(yáng)性髄膜腫、またはCMV陽(yáng)性多形性膠芽腫)を有する。別の具體的な施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者は、B細(xì)胞過(guò)形成、リンパ腫(例えば、B細(xì)胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(例えば、例えば、高齢者におけるびまん性大細(xì)胞型B細(xì)胞リンパ腫)、T細(xì)胞リンパ腫、EBV陽(yáng)性ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫)、多形性または単形性EBV?LPD、自己免疫性リンパ増殖性癥候群、または混合PTLD(移植後リンパ増殖性障害)などの、EBV感染に起因するEBV陽(yáng)性リンパ球増殖性障害(EBV?LPD)(例えば、EBV陽(yáng)性移植後リンパ増殖性障害)を有する。別の具體的な実施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者はEBV陽(yáng)性鼻咽頭癌を有する。別具體的な実施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者はEBV陽(yáng)性胃がんを有する。別の具體的な実施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者はEBV陽(yáng)性平滑筋肉腫を有する。別の具體的な実施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者はEBV陽(yáng)性NK/Tリンパ腫を有する。別の具體的な実施形態(tài)では、病原體はEBVであり、ヒト患者はEBVウイルス血癥を有する。

他の実施形態(tài)では、抗原はがんの抗原である。様々な実施形態(tài)では、ヒト患者はがんを有する。ある特定の実施形態(tài)では、抗原はウィルムス腫瘍1(WT1)である。

がんは、これらに限定されないが、以下のような血液がんであり得る:急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、有毛細(xì)胞白血病、T細(xì)胞前リンパ球性白血病、大顆粒リンパ球性白血病、成人T細(xì)胞白血病、形質(zhì)細(xì)胞白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または多発性骨髄腫など。具體的な実施形態(tài)では、がんは多発性骨髄腫または形質(zhì)細(xì)胞白血病である。具體的な実施形態(tài)の態(tài)様では、がんの抗原はWT1である。

がんはまた、これらに限定されないが、肉腫、癌、リンパ腫、胚細(xì)胞腫瘍、または芽細(xì)胞腫を含む、固形腫瘍がんであり得る。固形腫瘍がんは、これらに限定されないが、以下であり得る:乳房、肺、卵巣、胃、膵臓、喉頭、食道、精巣、肝臓、耳下腺、膽道、結(jié)腸、直腸、子宮頸部、子宮、子宮內(nèi)膜、腎臓、膀胱、前立腺、甲狀腺、脳、または皮膚のがんなど。

具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は成人(少なくとも16歳)である。別の具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は青年(12?15歳)である。別の具體的な実施形態(tài)では、患者は小児(12歳未満)である。

具體的な実施形態(tài)では、ヒト患者は、以前の療法に対する抵抗性またはその不耐性により、病原體またはがんに対する以前の治療に失敗しており、以前の療法は、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤と組み合わせた抗原特異的T細(xì)胞を含むヒト細(xì)胞集団による処置ではない。疾患は、応答がない場(chǎng)合、または応答が不完全な場(chǎng)合(応答が完全寛解に満たない場(chǎng)合)、または治療後に進(jìn)行もしくは再発する場(chǎng)合、療法に対して抵抗性があるとみなされる。以前の療法は、場(chǎng)合によっては、當(dāng)該技術(shù)分野で公知の抗ウイルス剤(例えば、抗ウイルス薬もしくは抗體)、または當(dāng)該技術(shù)分野で公知の抗がん療法(例えば、化學(xué)療法もしくは放射線療法)であり得る。

6. 実施例 本明細(xì)書で提供されるある特定の実施形態(tài)は、次の非限定的な例によって説明される。

6.1. 実施例1:PD1阻害と組み合わせたドミナントおよびサブドミナントHLA対立遺伝子によって拘束される養(yǎng)子移入CMV特異的T細(xì)胞は、腫瘍異種移植片のin vivo阻害の改善を?qū)g証する 移植ドナーまたは第三者ドナー由來(lái)のCMV特異的T細(xì)胞(CMV?CTL)の養(yǎng)子移入は、HSCTレシピエントのCMV感染癥を効果的に処置できる。臨床治験では、部分的に適合した第三者のCMV?CTLの注入により、持続的なCMV感染に対する高い奏効率が実証されている。in vitroで生成された、またはin vivoで直接選択されたT細(xì)胞は、特定のHLA対立遺伝子によって提示される1?2個(gè)の免疫優(yōu)性エピトープに対する特異性の顕著な優(yōu)勢(shì)を示す。免疫優(yōu)性HLA対立遺伝子は、サブドミナントHLA対立遺伝子と比較して、in vivoでのより高いT細(xì)胞機(jī)能活性と関連している。サブドミナントHLA対立遺伝子によって拘束されるT細(xì)胞の活性を増加させる薬剤は調(diào)査されていない。

HLA?A0201とHLA?A2402がヒトで共遺伝するとき、HLA?A0201はHLA?A2402よりも免疫優(yōu)性であるため、応答性T細(xì)胞の優(yōu)勢(shì)はHLA?A2402ではなくHLA?A0201に向けられる。本発明者らは、in vivoモデルを使用して、代用システムとして、CMVpp65を発現(xiàn)するように形質(zhì)導(dǎo)入された結(jié)腸癌細(xì)胞(coca)を使用して、CMV?CTLの有効性を評(píng)価した。HLA?A0201⁺およびHLA?A2402⁺のヒト結(jié)腸癌細(xì)胞は、CMVpp65およびGFP?ホタルルシフェラーゼを発現(xiàn)するように形質(zhì)導(dǎo)入された(cocapp65)。免疫優(yōu)性HLA?A0201が提示するNLVエピトープ(A2?NLV)またはサブドミナントHLA?A2402が提示するQYDエピトープ(A24?QYD)のいずれかに応答するCMV?CTLは、HLA?A0201またはHLA?A2402、B7.1、LFA?3およびICAM1を発現(xiàn)するNIH 3T3人工抗原提示細(xì)胞を使用するin vitro刺激により、HLA?A0201とHLA?A2402とを共遺伝により受け継ぐドナーから生成された。腫瘍細(xì)胞(10⁵個(gè)の細(xì)胞)を5?6匹の群のNOD/Scid?IL2Rγc^?/?マウス(NSGマウス)に右側(cè)腹部で皮下注射し、HLA?A0201またはHLA?A2402の発現(xiàn)を欠き、pp65を発現(xiàn)するメラノーマ細(xì)胞系(melpp65)の10⁵個(gè)の細(xì)胞を、対照として左肩に注射した。2つの群は、それぞれマウスあたり10⁶個(gè)の四量體⁺A2?NLVまたはA24?QYD CMV?CTLを靜脈內(nèi)投與し、各CMV?CTL処置群の一方には、CTL注入後2日目および7日目に2回の靜脈內(nèi)用量(200μg/用量)の抗PD1抗體(ニボルマブ)も投與した。対照群には、抗PD1を含むかもしくは含まないIL?2、またはHLA不適合のCMV?CTLを投與した。腫瘍増殖は、生物発光イメージングによってモニターした。

サブドミナントHLA?A2402が提示するQYDエピトープに応答するCMV?CTLは、対照と比較して有意なcocapp65成長(zhǎng)抑制を誘導(dǎo)したが、いずれの動(dòng)物の腫瘍も根絶しなかった。A24?QYD CMV?CTLの抗PD1抗體との組合せ処置は、5匹中2匹のマウスで完全なcocapp65根絶を誘導(dǎo)し、3匹のマウスにわずかな殘存腫瘍があった。免疫優(yōu)性HLA?A0201拘束CMV?CTLによる処置は、5匹中2匹のマウスで完全なcocapp65根絶を誘導(dǎo)し、サブドミナントHLA?A2402拘束CTL処置に比べて殘存腫瘍が小さかった?？筆D1とA2?NLV CMV?CTLとの組合せ処置により、5匹のマウスのうち3匹でcocapp65根絶がもたらされ、2匹のマウスでわずかな腫瘍があった。腫瘍重量を測(cè)定した(図1を參照されたい)。まとめると、これらのデータは、PD1/PD?L1相互作用を遮斷することで、免疫優(yōu)性とサブドミナントHLA対立遺伝子拘束CMV?CTLの両方の抗ウイルス活性を相乗的に増加させることができるという証拠を提供する。

6.2. 実施例2:HLA対立遺伝子の階層の確立 実施例2は、本質(zhì)的には國(guó)際特許出願(yuàn)公開(kāi)第WO2016/073550號(hào)に記載されている通りである。

6.2.1. 方法: 6.2.1.1. CMV CTLバンクの確立: 全ての細(xì)胞製品は、標(biāo)準(zhǔn)操作手順(SOP)およびFDA準(zhǔn)拠のプロトコールの下で、Memorial Sloan Ketteringがんセンター(MSKCC)のGMP施設(shè)で処理された。

6.2.1.1.1. 自家サイトカイン活性化単球(CAMS)の生成: 末梢血単核細(xì)胞(PBMC)は、フィコールハイパックを使用した密度勾配遠(yuǎn)心分離により、血清陽(yáng)性ドナーの血液から単離された。

1%自家血清を含むRPM?1640に懸濁した濃度10⁷/mlのPBMCを6ウェル組織培養(yǎng)プレートに37℃で2時(shí)間接著させた後、非接著単核細(xì)胞を靜かに除去した。接著単球は、ウェルあたり2mlの無(wú)血清IMDMで培養(yǎng)され、GM?CSF 2000IU(50μl)およびIL?4 1000U(25μl)のIL?4を1日おきに5日目まで補(bǔ)充した。5日目に、腫瘍壊死因子?α(SIGMA、St.Louis)を添加して、最終濃度10ng/mlを達(dá)成し、インターロイキン?1βを400IU/mlに、インターロイキン?6(R&D systems,Inc、Minneapolis、MN USA)を1000IU/mlに、プロスタグランジンE2(Calbiochem、La Jolla、CA USA)を25mm/mlにして、CAMSの最終成熟を誘導(dǎo)した。7日目に、成熟CAMSを採(cǎi)取し、FACSによりそれらのHLAクラスII、CD14および共刺激分子の発現(xiàn)に関して特徴付け、以下に詳述するとおりT細(xì)胞系の感作のために計(jì)數(shù)し、等分し、使用した。

6.2.1.1.2. 自家形質(zhì)転換Bリンパ球細(xì)胞系(BLCL)の生成: 各ドナー由來(lái)のEBV?BLCLを、これまでに記載された(Koehne, G.ら、Blood、2000年、96巻:109?117頁(yè);Koehne, G.ら、Blood、2002年、99巻:1730?1740頁(yè))ようにEBV株B95.8をPBMCに感染させることにより生成した。細(xì)胞は、10%ウシ胎仔血清(FCS)およびアシクロビルを補(bǔ)充したRPMI 1640(Invitrogen,Inc、Carlsbad、CA USA)で維持された。

6.2.1.1.3. CMVpp65特異的T細(xì)胞の生成: T細(xì)胞は、接著単球の枯渇によって、続いて免疫磁気CD56プレコートマイクロビーズ(Miltenyi Biotech Inc.)によるCD56+細(xì)胞の免疫磁気分離を使用するナチュラルキラー細(xì)胞の枯渇によって、PBMCから分離された末梢血リンパ球から富化された。次いで、精製されたT細(xì)胞を、これまでに記載された(Trivedi, D.ら、Blood、2005年、105巻:2793?2801頁(yè))ように、重複するペンタデカペプチド(PL CAM)のGMPグレードプールを負(fù)荷した照射自家CAMSと共培養(yǎng)した。T細(xì)胞をIL?2(5?40U/ml)の存在下で28?40日間培養(yǎng)し、これまでに記載された(Trivedi, D.ら、Blood、2005年、105巻:2793?2801頁(yè))ように、20:1のエフェクター対刺激物質(zhì)の比で、照射自家ペプチド負(fù)荷CAMSによって毎週再刺激した。

6.2.1.2. CMVpp65特異的T細(xì)胞の特徴付け: 6.2.1.2.1. 四量體分析: CMVpp65エピトープ特異的T細(xì)胞の割合は、それぞれペプチド配列NLVPMVATV、QYDPVAALFおよびTPRVTGGGAM(Beckman Coulter,Inc Fullerton、CA)を持つHLA A0201、A2402、およびB0702について、市販のCMVpp65 MHCペプチド四量體を使用するHLAペプチド四量體を使用して定量した。T細(xì)胞をCD3 FITC、CD8 PE、CD4 PerCP(BD Bioscience、San Jose、CA)およびAPCコンジュゲート四量體複合體と氷上で20分間インキュベートし、洗浄し、その後FACS(BD LSR II)で分析した。データは、Flowjoソフトウェア(Tree Star Inc、Ashland、OR)を使用して分析した。培養(yǎng)物內(nèi)のCD4およびCD8+のT細(xì)胞の割合、ならびにHLA?ペプチド四量體に結(jié)合するCD3+およびCD8+のT細(xì)胞の割合を決定した。

6.2.1.2.2. TCR Vβレパートリー CMVペプチド?HLA四量體+T細(xì)胞は、製造元から提供された手順に従ってヒトTCRのVβ領(lǐng)域の24のサブファミリーに対する抗體を含有する市販のキット(IO Test(登録商標(biāo))Beta Mark、Beckman Coulter,Inc、France)を使用して、フローサイトメトリーによりTCR Vβレパートリーについて分析した(Wei, S.ら、Immunogenetics、1994年、40巻:27?36頁(yè))。

6.2.1.2.3. CMV特異的および同種反応性IFN?γ産生T細(xì)胞の定量 各CMV特異的T細(xì)胞系の発生の開(kāi)始時(shí)およびいくつかの時(shí)點(diǎn)で、濃度1×10⁶/mLのドナーTリンパ球を、CMVpp65ペプチドのプール(20ug/ml)を負(fù)荷した自家CAMSと、5:1のエフェクター対刺激細(xì)胞比で混合した。エフェクター細(xì)胞とペプチドをまったく負(fù)荷していないPBMCとを含有する対照チューブを並行して設(shè)定した。ブレフェルジンAを非刺激試料およびペプチド刺激試料に10μg/mL細(xì)胞の濃度で添加した。チューブを、加濕した5%CO₂インキュベーター內(nèi)で、37℃で一晩16時(shí)間インキュベートした。

バルクの非刺激培養(yǎng)物と刺激された培養(yǎng)物のアリコートを、モノクローナル抗體で染色するためにチューブに移した。細(xì)胞をアロフィコシアニン(APC)で標(biāo)識(shí)した5μLのモノクローナル抗CD3および10μLの抗CD8ペリジンクロロフィルタンパク質(zhì)(PerCP)または抗CD4 PerCP(BD Biosciences、San Jose、CA)で染色し、暗所において室溫で20分間インキュベートした。2mLのリン酸緩衝食塩水(PBS)?ウシ血清アルブミン(BSA)?アジド(AZ)(PBS+0.5%BSA+0.1%AZ)で細(xì)胞を洗浄した。細(xì)胞を遠(yuǎn)心分離し、上清を廃棄し、100μLの試薬A(Fix&Perm Cell Permeabilization Reagents A&B;Caltag Laboratories、Burlingame、CA)を各チューブに添加して細(xì)胞を固定した。次いで、これらの細(xì)胞を15分間インキュベートした。細(xì)胞をPBS+BSA+AZで洗浄し、透過(guò)処理のために100μLの試薬B(Caltag Laboratories)を添加した。10μLのマウスIgG1アイソタイプ対照フルオレセインイソチオシアネート(FITC)またはIFN?γFITC(BD PharMingen、San Diego、CA)モノクローナル抗體を添加することにより、細(xì)胞內(nèi)染色を?qū)g施した。細(xì)胞を室溫で20分間、暗所でインキュベートし、2回洗浄し、1%ホルマリンでさらに固定した。

続いて、10色対応の3つのレーザーを備えたLSR IIフローサイトメーター(BD Biosciences)を使用して染色および固定細(xì)胞を取得し、flowjoソフトウェアを使用して分析した。最初に細(xì)胞を前方および側(cè)方光散亂によって同定し、次いでCD3 APC対側(cè)方散亂ドットプロットでCD3+細(xì)胞をゲーティングした。複合ゲート(combined gate)で2萬(wàn)から5萬(wàn)の事象が取得された。細(xì)胞のさらなる同定のために、CD3+CD8+またはCD3+CD4+細(xì)胞のゲーティングを?qū)g施した。四分畫マーカー(quadrant marker)は、非刺激対照およびアイソタイプ対照チューブの分析に基づいて確立された。

6.2.1.3. 異なるCMVpp65エピトープに対する抗ウイルスCD8+T細(xì)胞応答の定量 6.2.1.3.1. 重複する15aaペプチドのライブラリーを使用したエピトープマッピング Koehneら(Koehne, G.ら、Blood、2002年、99巻:1730?1740頁(yè))によって修正されたWaldropら(Waldrop, S.L.ら、J Clin Invest、1997年、99巻:1739?1750頁(yè))の技法に従って、目的のペプチドまたはペプチドプール(PL)を負(fù)荷した自家APCによる二次刺激により生成されたIFNγ陽(yáng)性T細(xì)胞の數(shù)を測(cè)定することにより、CMV pp65內(nèi)の特定のペプチドに対するT細(xì)胞応答を同定および定量した。重複ペプチドプールのグリッドにより、T細(xì)胞応答を誘導(dǎo)する特定のエピトープを同定した。T細(xì)胞ドナーに対して自家のペプチド負(fù)荷PBMC、T細(xì)胞ドナーに対して自家CAMS、またはT細(xì)胞ドナーに対して自家BLCLをAPCとして使用して、エピトープマッピングのために応答するT細(xì)胞を刺激した。

6.2.1.3.2. in vitro細(xì)胞傷害活性 全てのT細(xì)胞系は、これまでに記載された(Koehne, G.ら、Blood、2002年、99巻:1730?1740頁(yè);Trivedi, D.ら、Blood、2005年、105巻:2793?2801頁(yè))ように、標(biāo)準(zhǔn)的な⁵¹クロム放出アッセイを使用して、CMVpp65を負(fù)荷した標(biāo)的を溶解する能力について評(píng)価された。全ての実験で使用される標(biāo)的は、それぞれが所與のドナーのT細(xì)胞と単一のHLA対立遺伝子とを共有するEBV?BLCLのパネルからなっていた。これらの細(xì)胞は、所與の実験で指定されたように、CMVpp65ペプチドの完全なプール、もしくはその特定のサブプール、単一のペンタデカペプチド、またはその対立遺伝子によって提示されることが公知のCMV pp65九量體(例えば、HLA A0201に対してNLVPMVATV、HLA A2402に対してQYDPVAALF、ならびにHLA B0702に対してTPRVTGGGAMおよびRPHERNGFTV)(Trivedi, D.ら、Blood、2005年、105巻:2793?2801頁(yè);Hasan, A.N.ら、J Immunol、2009年、183巻:2837?2850頁(yè))を負(fù)荷された。共有されたHLA対立遺伝子によって提示されないペプチドを負(fù)荷した標(biāo)的を?qū)澱栅趣筏剖褂盲筏俊LA拘束は、特定の共有されたHLA対立遺伝子に提示された同定されたペプチドエピトープでパルスされた標(biāo)的に対する反応性、および他の共有された対立遺伝子を持つEBV BLCLまたは完全に不適合のEBV BLCLのいずれかに負(fù)荷されたペプチドに対する反応性の非存在によって同定された。

6.2.2. データ: 6.2.2.1. HLA対立遺伝子の多様なアレイを遺伝により受け継ぐ、遺伝子型が不均一なドナー集団から生成されたGMPグレードCMV CTLバンク 同種異系HSCTのレシピエントにおけるCMVウイルス血癥の処置のためにドナー由來(lái)のCMVpp65特異的T細(xì)胞を使用した臨床治験の開(kāi)始以來(lái)、7年間にわたって合計(jì)119のCMVpp65特異的CTL系が生成されている。

CTL系の生成に使用されたドナーのプールは、ニューヨークの多民族集団に広く行きわたった一般的なHLA対立遺伝子を代表する180種類の異なるHLA対立遺伝子を遺伝により受け継いだ。ドナーCTLプールのHLA対立遺伝子の分布はまた、白人、アジア人、黒人を含む各民族集団で表されるHLA対立遺伝子の頻度と密接に相関していたが、例外的に、HLA A0201およびB0702は過(guò)剰に表されていた:それぞれ33%対25%および21%対8.7%(表1)。119人のドナー間の遺伝性HLAクラス?I対立遺伝子の頻度の順序は次のとおりであった:A0201(n=39)、A0301(n=28)、B0702(n=25)、B 44(n=24)、HLA B 0801(n=22)、B 3501?11(n=19)、A1101(n=16)、A2402(n=14)、B 1501?17(n=14)、B 1801?07(n=12)、A 3201?03(n=11)、A3301?04(n=10)、B 4001?06(n=9)、およびA2601(n=9)、B 5701(n=9)。他のHLAクラス?I対立遺伝子は、HLA B 5201(n=8)、B 3801(n=6)、A6801?09(n=5)、B 5801(n=5)などの低頻度で表された。HLAクラス?II対立遺伝子の場(chǎng)合、一般集団での頻度が高いことから予想されるように、6つのHLA DRB1対立遺伝子が高度に表された(表1)。頻度順に、これらにはDRB1 1501?08、0401?32、0301?13、0701?04、1101?20、1301?34が含まれた。

6.2.2.2. CMVpp65特異的T細(xì)胞応答は、限られた數(shù)のHLAクラス?I対立遺伝子およびクラス?II対立遺伝子によって提示されるエピトープによって支配される 119のうち103(87%)のCTL系では、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答はHLAクラス?I対立遺伝子によって拘束され、16のCTL系ではHLAクラス?II対立遺伝子によって拘束されていた。CTL系の54%で、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答は3つのHLAクラス?I対立遺伝子;A0201(25%)、B 0702(21%)、およびB3501?11(8%)によって拘束されていた。免疫優(yōu)性エピトープを提示する他の対立遺伝子には、HLA A 2402、B 4001、B 4006、B 4202、B 4204、B 4402、B 4403、DRB1 0401、および0404、DRB1 1101、DRB1 1202が含まれていた。したがって、このバンクで表される広範(fàn)なクラス?Iおよびクラス?IIのHLA対立遺伝子にもかかわらず、これらの対立遺伝子のうち19のみが、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を誘発するエピトープを提示した。さらに、少しでも検出可能なレベルのT細(xì)胞応答は、バンクのドナーが遺伝により受け継いだ(inherited)180のHLA対立遺伝子のうち49のみによって提示されるエピトープに特異的であった。

6.2.2.3. 免疫優(yōu)性エピトープを提示するHLA対立遺伝子は、特定のハプロタイプを共遺伝により受け継ぐ個(gè)體內(nèi)に階層的順序で存在する バンク內(nèi)のT細(xì)胞系の評(píng)価は、エピトープ特異的IFNγ+T細(xì)胞の定量およびそれらのHLA拘束の確認(rèn)によって測(cè)定されるとおり、特定のHLA対立遺伝子によって提示されるエピトープが一貫してドミナントであることも実証した。これまでの研究は、HLA B0702によって提示されたCMVpp65のエピトープが、HLA A0201とB0702とを共遺伝により受け継ぐ(co-inheriting)患者においてドミナントであるという証拠を提供している(Lacey, S.F.ら、Hum Immunol、2003年、64巻:440?452頁(yè))。この一連の例では、HLA B0702は一貫して、HLA A0201を共遺伝により受け継いだ9人を含む、この対立遺伝子(100%)を遺伝により受け継ぐバンクの25人全てのドナーで免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を拘束する対立遺伝子であった。したがって、HLA B0702によって拘束される応答は、遺伝した他のHLAクラス?Iおよびクラス?IIの対立遺伝子に関係なくドミナントであった。

一方で、HLA A0201を遺伝により受け継ぐ39人のドナーのうち30人(77%)では、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答はHLA A0201によって拘束されていた。殘りの9人のドナーは、HLA A0201とB0702とを共遺伝により受け継いだ人であり、これらの9人のドナーのそれぞれで、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答はHLA B 0702によって拘束されていた。したがって、HLA A0201は、HLA B0702と共遺伝したときを除き、任意の他のHLAクラス?Iまたはクラス?IIの対立遺伝子と共遺伝したとき、免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を拘束する対立遺伝子であった。例えば、HLA B44対立遺伝子を遺伝により受け継いだ22人のドナーのうち、わずか4人がこの対立遺伝子によって拘束される優(yōu)性反応を誘発した。これらの対立遺伝子(B4401、B4402、B4403)がHLA A0201と共遺伝したとき、そのようなドナー12人中11人(91.6%)で、免疫優(yōu)性CTL応答がHLA A0201によって拘束され、他のドナーもHLA B0702を共遺伝により受け継ぎ、HLA B0702拘束応答を誘発した。

HLA B 0702またはA0201を遺伝により受け継ぐドナーにおけるT細(xì)胞応答の顕著な他の特徴は、観察された応答がこれらの対立遺伝子によって提示されるエピトープのみに向けられていたという事実であった。対照的に、免疫優(yōu)性エピトープに対する応答が他のHLA対立遺伝子によって拘束されるT細(xì)胞系では、他のエピトープに特異的であり、他のHLA対立遺伝子によって拘束されるT細(xì)胞のサブドミナント集団が共通して観察された。この分析により、図2に示すように、免疫優(yōu)性エピトープを提示するHLA対立遺伝子の階層的クラスター化の認(rèn)識(shí)が可能になった。

免疫優(yōu)性エピトープを提示するHLA対立遺伝子の階層は、ペプチド刺激に応答するそれらの機(jī)能的活性のレベルのみに基づいていた。HLA結(jié)合に対するペプチドの親和性と免疫優(yōu)性T細(xì)胞応答を誘発する能力との間に相関はなかった(表2)。

6.2.2.4. CMV CTLバンクを構(gòu)成するエピトープレパートリーとHLA対立遺伝子は、多様な患者集団の処置に使用できる T細(xì)胞応答を誘発する免疫優(yōu)性CMVpp65エピトープの非常に限られたレパートリーは、限られた數(shù)のHLA対立遺伝子によって提示されたGMPバンクを構(gòu)成する119のCTL系內(nèi)で発見(jiàn)された。T細(xì)胞の応答は、このような微細(xì)な特異性によって定義されていることを考えると、第三者の環(huán)境で抗原特異的T細(xì)胞を臨床的に有効にするには、選択したT細(xì)胞が、患者に共有されるHLA対立遺伝子によって提示されるエピトープに応答する必要があるかもしれない。これらのパラメーター內(nèi)で、このバンクのCTLを使用して処置できる可能性のある民族的に多様な患者の割合を分析した。

Memorial Sloan?Katteringがんセンターで過(guò)去3?5年にわたって実施された、HLA適合もしくはHLA不適合のいずれかの血縁者または非血縁者のドナー、および臍帯血ドナーからの一連の連続的T細(xì)胞枯渇移植が再調(diào)査された。センターでの一連の239のHLA適合の血縁者または非血縁者の移植では、そのような癥例の86%で、患者と共有し、1?2の追加のHLA対立遺伝子で適合するHLA対立遺伝子によって拘束されるCMV T細(xì)胞応答を持つCTL系を同定することができた。同様に、一連の137のHLA不適合移植、および70の臍帯血移植で、それぞれ癥例の93%および81%で適切に拘束されるCTL系を同定することができた。したがって、このCTLバンクでのHLA対立遺伝子の広範(fàn)な表示にもかかわらず、HLA対立遺伝子の限られたレパートリーによって拘束されるT細(xì)胞を同定し、この民族的に多様な群のほとんどの患者の処置に使用できる。

6.2.2.5. 新たに定義されたエピトープおよびHLA拘束基準(zhǔn)を使用する移植ドナーまたは第三者ドナーからの処置のために選択されたCMV CTLの臨床活性 合計(jì)54人の評(píng)価可能な患者が、臨床感染または抗ウイルス薬に応答しなかった持続性ウイルス血癥の処置としてCMV CTLを投與された。これらのうち、19人がHSCTドナー(NCTO1646645)からのCMVpp65特異的T細(xì)胞を投與され、35人が、2つを超えるHLA対立遺伝子適合の第三者ドナーからのT細(xì)胞を投與された。結(jié)果は表3および表4に要約する。この分析では、CRは臨床感染の除去および/または血液からの検出可能なCMVの除去として定義される。PRは、血液中の2log10を超えるCMVの減少として定義される。SDは、安定した臨床狀態(tài)と、2log10未満のCMVの減少とを有する患者として定義される。PODは、ウイルス血癥と臨床疾患の継続的な進(jìn)行として定義される。

見(jiàn)てわかるように、HLA A201によって提示されたCMVpp65エピトープに特異的なT細(xì)胞を投與された19人の患者のうち、14人がCRまたはPRを達(dá)成した。HLA B0702によって提示された免疫優(yōu)性エピトープに特異的なT細(xì)胞で処置された9人のうち、8人がCRを達(dá)成した。同様に、HLA A2402(N=2)およびB0801(N=3)によって拘束された免疫優(yōu)性T細(xì)胞は、処置した5癥例のそれぞれでCRをもたらした。

対照的に、HLA B35の対立遺伝子バリアントによって提示される免疫優(yōu)性エピトープに特異的なCMVpp65特異的T細(xì)胞の7人中7人のレシピエントは応答しなかった。同様に、A2601(N=3)、A2407(N=1)、およびB5001(N=1)のエピトープに特異的な免疫優(yōu)性T細(xì)胞は、感染を除去せず、ウイルス血癥を軽減しなかった。

これらの結(jié)果は、特定のHLA対立遺伝子によって提示される免疫優(yōu)性エピトープがin vivoでより優(yōu)れた治療活性を有したT細(xì)胞を誘導(dǎo)し、したがってこれらの特定のHLA対立遺伝子が他のHLA対立遺伝子に比べて免疫優(yōu)性であるという証拠を提供する。

HLA適合HSCTも提供した個(gè)體以外の個(gè)體で使用するためにバンクにCMVpp65特異的T細(xì)胞を含めることにも同意したドナーから移植を受けた患者はまた、遡及的に調(diào)査された。これは、通常2?8×10³個(gè)のT細(xì)胞/Kgレシピエント體重を含有するそのようなドナーからのT細(xì)胞枯渇移植はまた、血清陽(yáng)性ドナーの血液中のIFNγ+CMV特異的T細(xì)胞の頻度が循環(huán)T細(xì)胞の0.1?1%の範(fàn)囲であるので、少數(shù)の免疫優(yōu)性CMV特異的T細(xì)胞も提供するためであった。この初期分析の結(jié)果を表5に示す。

同様に、CMVpp65特異的T細(xì)胞で処置された患者に見(jiàn)られるように、HLA B0702およびA0201対立遺伝子を共有するドナーからの移植のレシピエントはCMV疾患を発癥するリスクが低く、ウイルス血癥(virema)は一貫して処置に応答した一方で、これらの対立遺伝子を欠くドナー由來(lái)の移植片を受けた患者は、明白な感染の有意な発生率を有した。これは同様に、HLA B0702またはA0201のいずれかを欠いたHLA B35のバリアントを持つ患者で特に観察された。

臨床データにより、ペプチド特異的T細(xì)胞応答を誘発するCMVpp65の免疫優(yōu)性エピトープを提示するある特定のHLA対立遺伝子の階層を決定し(表6を參照されたい)、活性の表示の例を決定することができた。

したがって、HLA?A0201、HLA?B0801、およびHLA?B4401はサブドミナントHLA対立遺伝子である。

6.3. 実施例3:実施例2で確立されたHLA対立遺伝子階層に基づく抗PD1抗體との組合せ療法 患者はCMV感染を示す?；颊撙螲LA?B0702⁺およびHLA?B0801⁺である。実施例2で確立し、表6に示したHLA階層によれば、HLA?B0801はHLA?B0702と比べてサブドミナントHLA対立遺伝子である(すなわち、HLA?B0801対立遺伝子により提示されるエピトープはHLA?B0702により提示されるエピトープと比べてサブドミナントエピトープである)。HLA?B0801によって拘束されるCTL系が選択され、ニボルマブの注入と組み合わせて患者に注入される?；颊撙稀⑴R床評(píng)価および末梢血CMV DNAコピーの定量により、組合せ療法の前、最中、および後に応答をモニターされる。

7. 參照による組み込み 本明細(xì)書に引用された全ての參考文獻(xiàn)は、各個(gè)々の刊行物または特許または特許出願(yuàn)が全ての目的のためにその全體の內(nèi)容が參照により組み込まれるように具體的かつ個(gè)別に示されるのと同程度に、その全體の內(nèi)容が全ての目的で本明細(xì)書に參照により組み込まれる。

當(dāng)業(yè)者には明らかなように、本発明の趣旨および範(fàn)囲から逸脫することなく、本発明の多くの修正および変形をなすことができる。本明細(xì)書に記載された具體的な実施形態(tài)は例としてのみ提供され、本発明は、添付の特許請(qǐng)求の範(fàn)囲が権利を與えられる均等物の全範(fàn)囲と共に、そのような特許請(qǐng)求の範(fàn)囲の用語(yǔ)によってのみ限定されるべきである。